区块链、wiki和理想的科学机器:基因组学的一个例子

科学的制度现实

科学的进步是一个非线性的过程。它更像是一个大厦不断增加的部分,重新,有时拆除,甚至有可能取代。科学的机构不断在变化,因为我们试图模型和理解她的法律性质随着时间的推移,保持甚至我们最珍视的理论或有和容易矛盾,准备拆除整个大厦的翅膀如果需要。经验“研究”可以追溯本质上回到古希腊人,但这并不构成“科学”(亚里士多德,1938)。经验主义帮助我们发现现象,但是没有更不能提供假设的基础和现代科学的理论基石。经验主义在其新兴形式存在在现代科学,哲学社会特别是他们期刊的出现我们所说的启蒙运动标志着现代性的开端和科研机构(雷竞技电竞体育竞猜平台Peters等人。,2012年)。公布结果,可以测试社区的研究,以及原始数据访问的编目社区允许在社会的巨变和科学方法显而易见的出现(Koepsell 2010)。

在过去的一个世纪里,科学交流的本质已经发生了急剧的变化,和通信的方式和可访问性,我认为,威胁要破坏科学的稳步推进。自然法则和她对象是事实,和世界我们目录,发现,试图理解,和相关理论的一部分保持不变,但是他们不再可访问的应用程序在世界的基础,知识产权和科学通信以外的付费墙的锁定。通过类比:大自然的进化过程进化基因组在几十亿年。建立在生存和性的过程,当前基因组自然代表一个不完美的目录的成功与失败,编写代码对这些化学物质组成的生活。我们可以学习和了解很多关于生命的历史,解锁代码,只要我们开发更好的阅读和破译它的手段。这个项目已经被更好的发展,更容易更便宜的工具来读取代码,所有物种的基因组,谢天谢地保持线索他们的过去,前代及其适应性和灭绝。结合考古,新的测序技术给我们越来越清晰的生命进化的观点,和物种和个体的关系。

科研机构的记录,保存在原始数据和期刊出版物,可以为我们提供工具来了解宇宙作为一个整体,如果我们正确捕获它们,并允许他们用更少的障碍更大的使用更广泛的社区。两个世纪的趋势,推动科学进步的风险受到社会和技术现象,然而,社会和技术也拯救这些机构的承诺。

科学和它的理想

“科学”是一个过程由扩散社区工作在一个有机的代码开发的未指定的规则随着时间没有协调和调节身体。然而,它的工作原理。科学家致力于相关研究问题做实验或研究面向测试假设,猜测的结果可能发生由于想法关于为什么工作,因为他们做的事情,或者为什么我们观察我们所做的。早期自然哲学家们意识到,他们可以更好的方法理解他们寻求他人描述他们在做什么,寻找同龄人找到确证,错,或更好地解释他们的研究。越来越多的同行和地理上分散的组需要审查的一种手段,正在进行的传播和讨论研究项目。科学出版物开始出现,1665年开始与法国日报》Des Scavans和英语英国皇家学会哲学学报。出版物提供科研人员的一种手段传播结果和招来更多的测试,从而确认或伪造假说(Burns, 2003年)。除了交流科学同行、期刊和会议提供门外汉一个机会来查看的方式科学的进步在高级别上,向世界开放进程进一雷竞技电竞体育竞猜平台步确证或纠纷,为该机构的基础,大多数改变我们的世界和改善生活。

我认为,“科学”是体现在其出版物和底层数据的历史,是一种超文本。像一个超文本,它的发展,其引用其他文献的痕迹蚀刻的脚注和利润率,保存最好的停止流动的调查错误,理解,和理论随着时间的推移,它的社区之一。百科全书的出现是一个启蒙运动试图创建某种静态表示当前的知识,合并分散的出版的《科学艺术在任何一个历史时期,但由于出版的本质,他们很快过时,需要新的版本在常规速度(《2000年)。直到最近技术提供了一种手段,解决传统的科学构成的认识论障碍出版流程。科学期刊带来其他问题,雷竞技电竞体育竞猜平台如成本的维护,把大多数扔进垃圾桶,降级的尘土飞扬的货架上,在最坏的情况下,总损失。甚至互联网,这被认为构成保护所有知识的能力,创建最终的超文本,已被证明不可靠在最好的页面无法保持也掉进了深渊。

理想情况下,我们可以跟踪的科学学科之间的连接通过回顾网络期刊上文章相关的纪律。雷竞技电竞体育竞猜平台这样随着时间的推移,因为科学的《盗梦空间》,将显示大量的引用彼此联系起来研究,新研究奠定基础,有时提供旧的范式转换的基础理论新观测。超文本最初构想来解决问题的参考和保护的知识。现在形式甚至万维网的基础,其基本的语言是超文本标记语言。科学期刊,通过适当的技雷竞技电竞体育竞猜平台术,作为理想化,保护每一个环节和每条路径,允许我们跟踪的当前状态的真正发展一门学科,出版的广大观众调查人员和门外汉的历史知识直到现在。

因为科学是一种社会现象,它是不完美的和容易产生错误和操纵。病理科学,有时,威胁要破坏纪律,破坏了公众信心。人类创建和编辑文本,他们也一直“原始数据”的守护者,他们组织、分析和报告。重大失误由于人为错误有时破坏研究,例如,包括著名的和诺贝尔奖获得者罗伯特·米利根电子的电荷的研究。我们只学习之后,当他的笔记本终于发现,报道的结果没有追踪观察。理查德·费曼指出他的失误,他的期望和缺乏造成的不感兴趣,导致其他类似的失误:“他们为什么不马上发现了新的数字是更高的吗?这是科学家们羞愧的历史,因为它是明显的,人们做了这样的事情:当他们得到这个数字太高了米利根以上的,他们认为一定是——他们会寻找,找到一个原因可能是错的。当他们得到许多接近米利根的价值他们看起来不那么难。所以他们消除了数字太遥远,和其他类似的东西…”来获得更大的精度,克服人类心理的影响,并创建一个更完美的科学进步的记录,使更广泛的受众更好地理解自然,我们可以开始设想一种四维的超文本:链接的工具观察这些观察的出版物和同行的评论和分析随着时间的推移,科学方法的理想化的结构可能会开始实施。油滴仪应该不间断和无中介的数据输入一个笔记本,不能改变,那将是可用的编辑审查这篇文章提交报告实验和达到其结论,希望挑战或者尝试,而且任何人都可以复制实验及其结果。

科学的理想没有实现在实践中,也没有技术可以确保它。人类是紧密相关的流程和制度,而且必须永远是科学。我们倾向不信任、傲慢、欺骗,偏见,和一百万年额外的失败让我们永远可能帮助研究引入歧途。但我们可以试图消除这些错误,防止其传播,创造新的机构和使用新技术让人类的弱点不太成功。科学作品,值得注意的是,在一个长期的过程,十年或更长时间的持续,成功坚持一般社区的人员和他们的支持者,帮助确保我们前进的平均,并减轻错误和伤害。让我们短暂的压力造成一些危害,然后探讨如何适应新技术帮助研究进展更顺利,更透明和更大的利益,特别注意在基因科学问题。

科学,社会,和科学家:错误的来源

也许在某些时候,科学被男人追求休闲、资源和时间,以及好奇心,生计并不依赖于他们的调查。随着时间的推移,然而,科学成为一种职业,甚至最近,一项生意。继续,需要钱,机构,围绕它演变成为经营性企业。作为一种职业存在的压力,也改变了自从第一个教授的科学开始了他们的学术生涯。随着竞争激烈的学术立场和地位,为资金和利润出版物,也激励偷工减料,咆哮,甚至欺骗(格林伯格2007;加德纳,2009)。米利根可能well-believed,他对电子的电荷的正确性是他不计结果,所以确定合理的,因此除了诺贝尔奖包括他正确判断被接受为真实的,不管他的研究的缺陷。奖来了,就像现在,钱,我们可能会想如果是应得的。但是许多压力在学术界今天糟糕的形式存在。需要发布,追求更高的h指数分数,减少潜在的终身职位,大量新,饥饿的学生,和消失的研究资金池添加压力,没有人可以忽略,没有技术可以解决。很可能这些压力和巨大的科学数据和出版质量,现在发生,使“欺骗”增加的原因,被抓的可能性微乎其微。无论如何,仍然作弊危害科学进步和众多例子表明存在。添加到这是新闻稿的更频繁的使用伴随杂志刊物,来提高销售,使媒体关注“打破”科学新闻(Bucchi 1998)。科学的职业的压力和保持所需的利润加起来是反复出现的危机,成本,和灾难,其中一些甚至牺牲生命。我们如何解决这些问题,并帮助推动科学进步在一个积极的方向?(木头,1904)。

香肠科学不过是增加压力的可能结果之一“出版或灭亡”,竞争在学术界获得排名,以及越来越罕见的永久职位(社论,2005- - - - - -自然材料)。现有的单一研究研究人员正在切成小,不一定是一致的或独立的部分,以增量发布文件,而不是等到成功的“结束”或自然部分广泛研究的结论。,他们可能会改变他们的工作在其他形式不同的出版物来增加他们的数字出版。

我们可以合并的工具我们创造了在过去十年左右的时间到一个解决方案,帮助,如果不阻止人类自己的弱点,那么至少提供更好的机会来跟踪和克服他们的错误呢?在我们探索这个之前,让我们看看简单的本质的科学研究的主要对象:基因组,以及它们如何工作的方式我们的解决方案很可能工作。

大自然的连锁(块)

我们都听说过“人类基因组”远比我们想象的复杂。第一种方法超过我们的期望,仅仅基于术语,是仅略”人类。“事实上,所有物种的基因组之间的关系,并最终源自相同的有机体在一些遥远的过去。从最初的DNA, RNA,或两者的某种组合,所有地球上的生命进化而来的。,有趣的是,部分记录的数十亿年的进化历史和科学的伟大的正在进行的项目之一是跟踪所有生物的遗传关系。进化是像一个正在进行的实验在每个主题的代码,保持其笔记和理解代码如何与整个物种的进化以及生物个体的功能,是进化的基因研究的目标以及基因组学。

个人的“基因组与个人在它的生命周期,根据环境变化在某种程度上,并成为蓝图的一部分个体的后代(如果有的话)。我们发现几代人,甚至有时一代过程中,变化,适应,改变,我们可以追溯到一个个人或群体的行为和经验。但记录是不完整的,它有差距,我们将知道更多如果我们能捕捉,在任何特定的时间点,以及随着时间的推移,每个人的基因组的完整快照。我们理解的“基因组”将会得到极大的发展,给当今的计算能力,我们预计在不久的将来,如果我们能记录所有数据和危机,寻找模式。

我们现在开始只拥有像我描述的工具,开始创建一个图片的数据将大大扩展我们的理解,这有助于对理论的理解基因组如何与物种,而且如何提供更好的个性化医疗基于一个人的个体的基因构成。也是固定的基础科学机构的问题我有部分所述,模型,在某种程度上,大自然的原始区块链。在我们深入研究区块链是什么之前,让我们回到一个提议我做了大约十年前“wikify”科学。

网络的知识

我们没有足够的记录,我们允许太多的数据丢失,也没有简单的方法来跟踪数据产生在世界各地,不同的个人和团体,在不同的语言。维基百科是一种解决方案,把百科全书的启蒙运动进入数字时代,提供一个民主,可追踪,和可核查的手段增加全球知识的累积的身体在一个较高的水平,即使不是我们需要的粒度科学(麦克斯韦尔,2007)。与科学方法本身,以实验为基础的wiki模型传播知识。每个编辑器提供了一个版本的事件,引用,和其他人(同行评审的形式)率和编辑时出现的版本认股权证的证据。编辑也获得声誉通过他们的贡献的强度和寿命的编辑文章。最后,每个版本的一篇文章就永远访问和编辑的小径和贡献,删除和更改,仍可用来探索。

维基百科Ward Cunningham首次开发背后的技术,1995年也已经被无数人改进之后,随着技术是开源的,这意味着任何人都可以提交新版本。虽然底层技术已经广泛应用于维基百科,它也被运用于很多其他“wiki”收集、牧师和传播信息的民主化,维基百科使用形式。根据自然,截至2005年,维基百科从无到有,有180万篇文章(现在将近600万)200种语言,有近15000名贡献者。

研究表明,即使在编辑过程是或多或少的民主(限制和机器人帮助抑制一些恶作剧,随着时间的推移影响维基百科通过那些试图使用它作为一个宣传机制)是高度准确的。而放弃自己可靠来源给任何人的能力为了编辑一个条目,总的来说它一样准确的标准引用《大英百科全书》等。与科学、真理的最佳模式往往会出现随着时间的推移,尽管挫折和尝试欺骗或操纵。在某种程度上,维基百科社区就像科学家、自我修正的随着时间的推移,发现更大的精度和更好的描述,并提供一种机制的扩展同行评议,使任何人作出贡献,发现错误,并发布。与科学的典型的媒体,没有真正专业的奖励甚至最好的贡献维基百科,这就是为什么,最终其科学模型给我们提供了希望。

全面采用wiki-science最大的威胁,而不是现在期刊出版期刊文章的作用服务于学术研究,特别是在促进和终身的过程。在学术界,出版物几乎一切,更重要的是最终比接受赠款。毕竟,资助的主要目的是为出版物提供原始数据。你的出版物的数量和质量,衡量期刊的“影响因子”基于他们的声誉,有助于建立一个学术自身的声誉,定义自己的职业轨迹,他们获得终身职位的能力,以及他们的可以在其他机雷竞技电竞体育竞猜平台构横向移动到其他部门。学术作者的h指数是他们是有价值的,并且是一种主要的评估。引用的主要之一的工作是否出现在维基百科是无意义的学术界。

自然知识的身体和她的法律在本质上是内在的自己。科学试图尽可能准确地提取有用的方式和模型这些事实和法律组成宇宙。但是人类的需求和期望的机构的性质和她的法律关怀没有。合并人类机构与发现的理想自然是不可能的。但让他们更加对齐可能引起通过更好地利用现有的技术,坚持科学的精神和谨慎。例如:评估的研究,只要它取决于出版物的数量和影响因子,将一个完整的过程,设计H-Indices的本质,和需要外部精化。

不过,考虑一下这个:科学探究的最佳伴侣,一个完整的记录所有的科学观察和分析,捕捉到永久,完全透明,和一个额外的识别机理研究的贡献。blockchain-wiki组合,以确保每一个新的观察和分析是可追踪的全球和可访问。百科全书“卡拉狄加”,保存在四维空间所有科学的进步。多为“基因组”提供了一种记录的所有物种的进化,Science-Blockchain可以给我们一个更完美的人类知识的数据库中的每个新条目的自然,她的部分,和法律。

对于基因组研究中,例如,blockchain-enabled完美科学机器我提议将自动捕获以下在研究的每个阶段:每个主题的惟一的ID,匿名散列在blockchain-which还有一个私钥解密,数据和控制,组织样本ID, ID和元数据(时间、日期等)或pcr测序机器,类似的数据对机器的操作符(再次,匿名,并标记出只有一个独特的散列),一个ID文本文件报告的序列或基因分型,理想情况下消除识别信息文本文件本身(也许加密和持有的可读的只有一个关键主题,分享与researchers-perhaps只有在支付使用的数据),所有原始数据的分析,研究ID访问数据,等。保持这样的小路,从样本分析和使用,用于研究出版物引用数据可以允许任何人跟踪的数据来源和复制更多的成功(或反驳)研究,提供最终的完整记录所有数据,永恒地保存在一个匿名的环境。最后,理想的科学机器也地方出版物本身区块链,也许可以通过支付网关,但理想也供所有研究人员审查,再完美的透明度和承诺,目的是科学的不可变日志记录企业作为一个整体,以及其原子部分。

开放、快速、清晰可见

Blockchains,在他们的理想,不变的帐由“不可靠的网络,每台机器参与奖励不断验证的分类帐。虽然最知名的应用程序到目前为止一直是比特币,同样的技术可以应用于维护任何记录(阮和金,2018年)。使用区块链,通过捕获数据中存在的失误wiki技术,即潜在的损失数据随着时间的推移,或包含的条目是不准确的,而不是正确地验证了社区匆忙,可以解决(Bartoletti et al ., 2017)。

呼吁更大的透明度往往重复后明显的失误在科学行为。欺骗和不信任生长在阴影,阳光是最好的消毒剂。当进程打开到最大最广泛的公众的监督,造假的机会减少。科学的进步,不再需要被贪婪或停止以自我为中心的利润。至少在理想,科学要求最大的开放性,wiki提供透明度。Blockchains也提供透明度和信任记录,创建存储库通常不能砍或改变,提供共识,一种盲目的同行评审和奖励,维护分布式开放数据库。相互结合,blockchains和维基会变得相对固定,或多或少地完美的科学存储库在任何人都可以建立,甚至与我们的机器的观察,提供链接的每个元素的研究。Wiki技术可以帮助创建一个通用存储库为科学知识的当前状态和调查,免费从官僚和务实的障碍物参与传统期刊出版。这样做,它将大众化的科学过程,创造更大的透明度和问责制,希望加快传播实验结果,批评,假设传播和细化,健壮的理论的发展。我们不一定担心效果完善的学科机器会对许多科学家属于学术和工业机构,因为我们应该假设提高科学的机制是一个很好的机构可以调整,和周围应该发展,而不是相反。我们应该广泛达成一致的真理:

——科学作为一个机构必须追求真理的价值高于个人的事业,

——作出积极贡献的科学家们追求真理应该认识到,

——一个简历清单出版物的不一定是准确的反映科学机构,科学家的贡献

——维基技术可以捕获个人贡献的作者和研究人员在一些公平的方式。

——职业生涯决策可以根据实际贡献科研机构(雷,2009)。

所有这些假设理论上应该是可以接受的,至少在理想化的科学方法。我们可以为专业的评估和设计新方法仍然承认个人成就和改善的方法科学wiki和blockchains结合,模仿自然有自己的礼仪方式捕获的物种的进化,揭示更多的科学进展吗?

很可能我们的(几乎)完美科学机器将帮助我们改革人类机构和重新重视科学探究的要素和贡献,真正的科学进步的问题,甚至可能帮助我们更好地给应得的学分。例如,如果存在DNA结构的首次发现的时候,会有一个直接的联系和完善记录追溯罗莎琳德富兰克林的贡献,当时,不幸的是没有完全显示。

许多现有的wiki类型的努力已经增加一些研究项目,并被科学家们拥抱。在这些基因注释工具(扎尔茨贝格,2007),发现化学(威廉姆斯,2008),和生命科学。事实上,一个工具,称为“WikiGenes”(麦尔et al ., 2005)考虑需求的文化科学作者被认可,并促进作者跟踪帮助”评价的起源、权威和可靠性的信息“维基(霍夫曼,2008)。其他人都在额外的技术支持大规模、通过网络协作的科学,保护机构和规范所必需的科学进步和职业(Goble et al ., 2006)。其他项目当前的例子包括博学的(一个协作、wiki和部落的数学工具研究),奇怪的生物信息学组织,ResearchGate网站(雷竞技公司英格拉姆,2009)。甚至还有blockchain-enabled维基项目在进行中。最近区块链项目已经开始超越电子货币大规模数据的应用程序。放在一起用wiki技术,区块链可以添加一个新图层的透明度,潜在的回报,和信任。

的一篇文章《经济学人》论述了科学的优点“博客”作为一种开放的研究,避免与传统出版的一些陷雷竞技公司阱,和工作协作(9月20日,2008年,p . 85) (经济学家,2008年)。这也可能与wiki-science携手工作,提供参考资料,并深入条目,作为并行的科学家和公众之间的沟通通道。随着经济学家文章认为,任何重大的变化,科学的机构的工作方式(更不用说学术界)是一个“鸡和蛋”的问题。但是当科学家本身开始拥抱这些工具为了科学交流,合作,和记录,采用壁垒应该开始下降,在电子期刊领域。雷竞技电竞体育竞猜平台不久前,电子期刊被认为是不合格的,不值得,但是现在没有这样下意识的解雇的媒介存在雷竞技电竞体育竞猜平台,和优秀的电子期刊是举世公认的。blockchained-WikiScience亦是如此,我们完美的科学机器。承诺和技术本身的实用性大于制度偏见,和Vannevar Bush的万能“麦克斯存储器”机,1945年他的设想《大西洋月刊》文章“为我们可能认为”(和一个灵感wiki)将最终得以实现。

作者的贡献

作者证实了这项工作的唯一贡献者和已批准出版。

的利益冲突

作者说,这项研究是在没有进行任何商业或金融关系可能被视为一个潜在的利益冲突。

引用