鱿鱼表达守恒的阿达尔月直接同源,具有新颖的特性gydF4y2Ba
伊莎贝尔c Vallecillo-ViejogydF4y2Ba
1gydF4y2Ba
__gydF4y2Ba
Gjendine沃斯gydF4y2Ba1gydF4y2Ba
卡罗琳·b·AlbertingydF4y2Ba1gydF4y2Ba
诺亚Liscovitch-BrauergydF4y2Ba2gydF4y2Ba
伊莱·艾森伯格gydF4y2Ba
2gydF4y2Ba
约书亚·j·c·罗森塔尔gydF4y2Ba
1gydF4y2Ba*gydF4y2Ba- 1gydF4y2Ba尤金·贝尔中心、海洋生物实验室、美国伍兹霍尔,妈,gydF4y2Ba
- 2gydF4y2Ba雷蒙德和贝弗利萨克勒学院的物理学和天文学,特拉维夫,以色列特拉维夫大学gydF4y2Ba
coleoid足类动物显示异常广泛的信使rna由腺苷脱氨基作用重新编码,但底层的机制并不清楚。因为腺苷脱氨酶作用于RNA(亚)酶催化RNA编辑,这种形式的头足类生物的结构和功能直接同源可能提供线索。最近的基因组测序项目提供了蓝图的全补coleoid头足类动物下手。之前有从我们的实验结果表明,鱿鱼表达一个ADAR2同族体,与两个剪接变体叫sqADAR2a sqADAR2b广泛,这些消息编辑。基于章鱼和乌贼基因组、转录组和cDNA克隆,我们发现两个额外的阿达尔月同系物在coleoids表示。第一个是脊椎动物ADAR1同源。不像其他ADAR1s,然而,它包含小说641 aa的n端结构域预测无序,包含67磷酸化图案,有一个氨基酸组成中异常高的丝氨酸和基本氨基酸。信使rna编码sqADAR1本身广泛编辑。第三个ADAR-like酶,sqADAR /想,这不是任何脊椎动物亚型,直向同源也在场。信息编码sqADAR /想无法编辑。 Studies using recombinant sqADARs suggest that only sqADAR1 and sqADAR2 are active adenosine deaminases,gydF4y2Ba对完美的双极和鱿鱼钾通道mRNA衬底被编辑gydF4y2Ba在活的有机体内gydF4y2Ba。在这些基质sqADAR /想没有活动。总的来说,这些结果揭示sqADARs一些独特的特性,可能导致高层RNA头足类动物中观察到的重新编码。gydF4y2Ba
介绍gydF4y2Ba
腺苷肌苷在RNA的转换是最常见的形式的RNA编辑。因为核糖体读肌苷鸟嘌呤核苷,这些事件可以重新编码mrna (gydF4y2Ba巴西利奥et al ., 1962gydF4y2Ba)。历史上,蛋白质重新编码RNA编辑一直是研究的热点,因为第一个RNA编辑网站被发现被重新编码的事件,这些事件的功能结果都是在生物学科实验容易处理和吸引力。很好的例子是开创性的研究RNA编辑目标信息编码离子通道和神经递质受体,影响其功能和神经生理学(gydF4y2Ba大梁et al ., 1991gydF4y2Ba;gydF4y2Ba伯恩斯et al ., 1997gydF4y2Ba;gydF4y2Ba巴拉et al ., 2004gydF4y2Ba)。最近,然而,RNA编辑已被证明改变许多细胞过程像核处理和底物识别(gydF4y2Ba骑士和低音,2002年gydF4y2Ba;gydF4y2Ba2003年东京和低音gydF4y2Ba),消息稳定和拼接(gydF4y2BaRueter et al ., 1999gydF4y2Ba;gydF4y2Ba公园et al ., 2012gydF4y2Ba;gydF4y2BaRieder Reenan, 2012gydF4y2Ba;gydF4y2Ba吴et al ., 2015gydF4y2Ba)和先天免疫(gydF4y2BaMannion et al ., 2014gydF4y2Ba;gydF4y2Ba奥康奈尔et al ., 2015gydF4y2Ba)。虽然目前推测,RNA编辑在脊椎动物的祖先的作用可能与先天免疫相关,这绝不是某些无脊椎动物和它的作用是未知的和可能taxon-specific。gydF4y2Ba
矛盾的是,RNA编辑重新编码事件在哺乳动物中是最可贵的编辑。Transcriptome-wide映射的研究已经确定了数百万人类RNA编辑网站,和成千成千上万的网站其他类群(gydF4y2BaPorath et al ., 2017 agydF4y2Ba;gydF4y2BaPorath et al ., 2017 bgydF4y2Ba;gydF4y2BaPicardi et al ., 2017gydF4y2Ba);然而,在人类最近的搜索发现了∼1000年才重新编码网站,∼200是守恒的哺乳动物(gydF4y2BaGabay et al ., 2022gydF4y2Ba)。在100年和200年之间重新编码网站被确定在斑马鱼,蚂蚁和蜜蜂(gydF4y2Ba李et al ., 2014gydF4y2Ba;gydF4y2BaPorath et al ., 2019gydF4y2Ba;gydF4y2BaBuchumenski et al ., 2021gydF4y2Ba;gydF4y2Ba段et al ., 2021gydF4y2Ba)。在gydF4y2Ba果蝇gydF4y2Ba重新编码有点多,∼1000网站守恒的分类单元(gydF4y2BaYu et al ., 2016gydF4y2Ba;gydF4y2Ba段et al ., 2017gydF4y2Ba;gydF4y2BaZhang et al ., 2017gydF4y2Ba)。到目前为止,大多数编辑网站在这些物种位于转录重复性元素。重新编码无疑是重要的哺乳动物;无法编辑GluA Q / R的网站gydF4y2Ba2gydF4y2Ba信使rna是致命的(gydF4y2BaHiguchi et al ., 2000gydF4y2Ba)。在gydF4y2Ba果蝇gydF4y2Ba亚达单基因敲除基因会导致严重的神经肌肉缺陷(gydF4y2Ba帕拉迪诺et al ., 2000 agydF4y2Ba)。尽管如此,大多数生物很少使用RNA编辑修改密码子。gydF4y2Ba
与其他生物相比,重新编码RNA编辑网站在头足类动物很常见。事实上,有∼57000重新编码网站鱿鱼(gydF4y2Ba阿龙et al ., 2015gydF4y2Ba),发生在大多数神经记录。两个后续研究表明,重新编码同样丰富的跨coleoids (gydF4y2BaLiscovitch-Brauer et al ., 2017gydF4y2Ba;gydF4y2Ba·索珊et al ., 2021gydF4y2Ba)。许多记录的信使rna编码的蛋白质参与中枢神经系统功能,在脊椎动物和他们所做的gydF4y2Ba果蝇gydF4y2Ba。此外,这些编辑事件会产生功能变化。例如,编辑的钾通道信息调节通道动力学和tetramerization (gydF4y2Ba罗森塔尔和Bezanilla, 2002gydF4y2Ba;gydF4y2BaLiscovitch-Brauer et al ., 2017gydF4y2Ba)。编辑的鱿鱼NagydF4y2Ba+gydF4y2Ba/ KgydF4y2Ba+gydF4y2Ba腺苷三磷酸酶调节泵的流动率(消息gydF4y2BaColina et al ., 2010gydF4y2Ba)。头足类动物的高层重新编码表明,对他们的编辑机械有根本的不同。识别的具体差异,第一个功能检查编辑酶本身。gydF4y2Ba
A-to-I RNA编辑达催化的酶家族(gydF4y2Ba巴斯&温特劳布,1987gydF4y2Ba;gydF4y2Ba低音和温特劳布,1988年gydF4y2Ba;gydF4y2Ba金正日et al ., 1994 agydF4y2Ba;gydF4y2Ba梅尔彻et al ., 1996)gydF4y2Ba;gydF4y2Ba奥康奈尔et al ., 1998gydF4y2Ba)。这些酶在哺乳动物和最彻底的研究gydF4y2Ba果蝇。gydF4y2Ba架构是类似的,包含两个域特征:一个或多个双链RNA结合主题(dsRBMs)在n端,后跟一个催化脱氨酶域(DD)在糖基(gydF4y2Ba金正日et al ., 1994 bgydF4y2Ba;gydF4y2Ba梅尔彻et al ., 1996)gydF4y2Ba)。dsRBMs绑定到复杂,不完美dsRNA结构包含不匹配,凸起,循环,位置附近的DD目标腺苷脱氨基作用。在脊椎动物中,三个不同的亚同系物表达:ADAR1 ADAR2,功能活跃,ADAR3, (gydF4y2Ba梅尔彻et al ., 1996)gydF4y2Ba;gydF4y2Ba梅尔彻et al ., 1996 bgydF4y2Ba;gydF4y2Ba戈贝尔et al ., 1997gydF4y2Ba;gydF4y2Ba赖et al ., 1997gydF4y2Ba;gydF4y2Ba陈et al ., 2000gydF4y2Ba)。gydF4y2Ba果蝇gydF4y2Ba表达一个同种型亚达是脊椎动物同源ADAR2 (gydF4y2Ba帕拉迪诺et al ., 2000 agydF4y2Ba)。在以前的报告中,我们克隆和鱿鱼ADAR2-ortholog(特征gydF4y2BaPalavicini et al ., 2009 agydF4y2Ba)。最近公布的基因组从章鱼和两种鱿鱼(gydF4y2BaAlbertin et al ., 2015gydF4y2Ba;gydF4y2BaBelcaid et al ., 2019gydF4y2Ba;gydF4y2BaAlbertin et al ., 2022gydF4y2Ba),以及多个转录组(gydF4y2BaAlbertin et al ., 2015gydF4y2Ba;gydF4y2Ba阿龙et al ., 2015gydF4y2Ba;gydF4y2BaLiscovitch-Brauer et al ., 2017gydF4y2Ba;gydF4y2Ba·索珊et al ., 2021gydF4y2Ba;gydF4y2BaAlbertin et al ., 2022gydF4y2Ba)允许我们识别头足类动物的全补阿达尔月。在这项工作中,我们描述了不同寻常的结构特点,相对丰度,酶活动的两个coleoid头足类动物亚达和一个/ ADAD-like蛋白质。gydF4y2Ba
材料和方法gydF4y2Ba
细胞培养gydF4y2Ba
HEK293T细胞被维护在杜尔贝科修改鹰的介质(DMEM)补充10%胎牛血清,1% penicillin-streptomycin解决方案,1毫米丙酮酸钠,谷氨酰胺和2毫米。细胞被播种在培养皿中,2天后转染。转染,Effectene转染试剂工具包(试剂盒,猫没有。301425)根据协议。gydF4y2Ba
sqADAR1和sqADAR /想克隆gydF4y2Ba
sqADAR1和sqADAR /想序列被发现gydF4y2BaDoryteuthis pealeiigydF4y2Ba以前曾有报道称(大脑转录组gydF4y2Ba阿龙et al ., 2015gydF4y2Ba)。使用特定的引物互补序列周围的每个sqADAR的起始和终止密码子,全身sqADAR1和sqADAR /想从巨大的光纤放大叶(金五环)互补脱氧核糖核酸测序完成。对克隆sqADAR /想pPICZA FLIS6表达载体,具体引物被用来放大sqADAR /想开放阅读框(ORF) SpeI限制网站。sqADAR1、sqADAR2a sqADAR2b克隆在pcDNA 3.1(−)表达式HEK293T细胞。这些质粒都有他的标签在n端和FLAG-tag糖基,这些标签之前已被证明不影响酶功能。FLAG-tagged rADAR2 pcDNA是由玛丽欧曼博士从斯德哥尔摩大学提供。所有的寡核苷酸用于构造所示gydF4y2Ba补充表S1gydF4y2Ba。gydF4y2Ba
净化sqADAR2和sqADAR /想蛋白质gydF4y2Ba毕赤酵母属pastorisgydF4y2Ba
sqADAR2和sqADAR /想重组蛋白纯化的gydF4y2Ba毕赤酵母属pastorisgydF4y2Ba如前所述(gydF4y2Ba环et al ., 2004gydF4y2Ba;gydF4y2Ba基冈et al ., 2007gydF4y2Ba;gydF4y2BaPalavicini et al ., 2009 bgydF4y2Ba)。gydF4y2Ba
净化的sqADAR1 HEK293T细胞gydF4y2Ba
净化sqADAR1, 5×10gydF4y2Ba6gydF4y2BaHEK293T细胞被播种在三个150毫米盘和2天后与22μg转染质粒DNA编码sqADAR1。72 h post-transfection,细胞被洗1 x PBS和离心机,享年100岁gydF4y2BaggydF4y2Ba5分钟在4°C。样本然后用5毫升细胞溶解缓冲区(500毫米氯化钠,50 mM消息灵通的pH值7.4,1% Triton x - 100和10%的甘油,补充了德勤5毫米,0.5毫米PMSF和1 x停止蛋白酶抑制剂鸡尾酒;热费希尔科学,猫没有。78425),10分钟立式圆筒形孵化在4°C,和离心机在2000 g×20分钟在4°C。sqADAR1蛋白质纯化与倪gydF4y2Ba2 +gydF4y2Ba-Nitriloacetic酸列(试剂盒,猫没有。30310)如前所述(gydF4y2Ba环et al ., 2004gydF4y2Ba;gydF4y2Ba基冈et al ., 2007gydF4y2Ba;gydF4y2BaPalavicini et al ., 2009 bgydF4y2Ba)。gydF4y2Ba
蛋白质域识别和系统发育树结构gydF4y2Ba
我们使用最大似然方法来推断域之间的关系。使用InterProScan dsRBM和脱氨酶域被确定(gydF4y2Ba琼斯等人。,2014年gydF4y2Ba;gydF4y2Ba布卢姆et al ., 2021gydF4y2Ba),与肌肉v5 (gydF4y2Ba埃德加,2022gydF4y2Ba)。系统发育树构建FastTree2.1 (gydF4y2Ba价格et al ., 2010gydF4y2Ba),它使用一个(大约)极大似然方法来推断关系。最后树可视化与无花果树(gydF4y2Bahttp://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/gydF4y2Ba,每棵树是手动扎根在一个外围集团。分支长度序列散度成正比,> 75%表示支持节点的可能性。gydF4y2Ba
dsRBM和弟弟比对的序列被修剪根据完整的主题了gydF4y2BaStefl et al。(2006)gydF4y2Ba,gydF4y2BaPalavicini et al。(2009 b)gydF4y2Ba,gydF4y2Ba陈et al。(2000)gydF4y2Ba。人类Staufen1 (Gen-bank CAB40082,同上,104 - 173年),干扰素诱导双链RNA-activated蛋白激酶(基因库XP_003441235.2;同上4 - 71),hADAT(基因库NP_036223.2)和hAPOBEC1 (Gen-bank P41238.3)也包含在校准。gydF4y2Ba
Self-editing sqADAR1和sqADAR /想gydF4y2Ba
确定编辑网站长篇sqADAR1或sqADAR /想mRNA,互补脱氧核糖核酸的合成gydF4y2Bad . pealeiigydF4y2Ba巨大的纤维叶(金五环)总RNA (gydF4y2BaPalavicini et al ., 2009 agydF4y2Ba)被放大并发送直接测序。从乌贼金五环基因组DNA扩增技术(gydF4y2BaPalavicini et al ., 2009 agydF4y2Ba)是用于比较。gydF4y2Ba
非特异性编辑化验gydF4y2Ba
放射性标记dsRNA基质合成和非特异性编辑进行了化验和分析如前所述(gydF4y2BaPalavicini et al ., 2009 agydF4y2Ba;gydF4y2BaPalavicini et al ., 2012gydF4y2Ba)。简而言之,dsRNA衬底是源自于鱿鱼NagydF4y2Ba+gydF4y2Ba通道GFLN1 (Gen-Bank L19979.1;核苷酸,2111 - 2808年)和放大使用引物T7启动子序列。sqADAR重组蛋白质(10 nM)与放射性标记dsRNA孵化基质(0.5点)为2 h在Q140 35°C(10毫米Tris-HCl pH值7.9,140毫米氯化钾,10毫米生理盐水、20%甘油)补充与德勤5毫米,0.5毫米PMSF, 0.5μg /μl tRNA, 1 x停止蛋白酶抑制剂鸡尾酒(热费希尔科学、猫No.78425)。sqADAR /想co-incubation编辑测定,蛋白质浓度10或50 nm;n = 5。gydF4y2Ba
特定站点编辑化验gydF4y2Ba
在体外gydF4y2Ba编辑与乌贼钾通道(sqK化验gydF4y2BavgydF4y2Ba1.1)一直在前面描述的(gydF4y2BaPalavicini et al ., 2009 agydF4y2Ba)。简而言之,重组蛋白(9 nM)和sqK孵化gydF4y2BavgydF4y2Ba1.1 mRNA(1纳米)Q140缓冲如上所述。sqKgydF4y2BavgydF4y2Ba1.1信使rna合成使用T7 mScript™标准mRNA生产系统(CellScript,猫没有。MSC11610)。互补脱氧核糖核酸是合成(安捷伦,猫没有。200436),其次是放大使用Phusion DNA聚合酶(新英格兰生物学实验室,猫没有。M0530)和发送到Genewiz inc .)直接测序。只有第一个sqK的300元gydF4y2BavgydF4y2Ba1.1通道被测序,量化是基于C / T双峰值高度。为了清楚起见,序列所示所示的数据已经反向补充和编辑/ G双重峰高的重复。分析进行了一式三份。gydF4y2Ba
相对表达sqADARs鱿鱼组织gydF4y2Ba
三个神经组织(视叶、垂直叶和星状神经节)和一个非组织神经(鳃)从4成年男性标本的解剖gydF4y2Bad . pealeiigydF4y2Ba。从新鲜组织提取的总RNA立即使用试剂盒试剂(热费希尔科学,猫没有。15596026)。500 ng的总RNA从每个样本然后转化成cDNA使用Protoscript II逆转录酶和益生元dT引物(新英格兰生物学实验室,猫没有。M0368)。gydF4y2Ba
互补脱氧核糖核酸从15 ng总RNA然后量化使用水解probe-based qPCR与引物特定sqADAR1, sqADAR2和sqADAR /想(gydF4y2Ba补充表S2gydF4y2Ba)。引物和禅宗/爱荷华州黑人FQ double-quenched FAM-coupled水解DNA探针被集成制造技术。PCR qPCR化验测试效率和90% - -100%的范围内效率这三个化验(sqADAR2 sqADAR1为96%,91%,93%,sqADAR /想)。gydF4y2Ba
黄金时段基因表达主混合(DNA技术集成,猫没有。1055772)用于qPCR 250海里正向和反向引物和150 nM水解调查。qPCR执行在一式三份使用BioRad排名作品96周期计初始变性在95°C 3分钟,其次是40周期的5 s在95°C和30年代60°C。gydF4y2Ba
绝对量化,已知数量的gBlocks基因片段DNA技术(集成)对应于目标扩增子被用来准备一个标准曲线组成的10倍稀释10之间gydF4y2Ba10gydF4y2Ba和10gydF4y2Ba2gydF4y2Ba每个反应的分子。标准曲线是由线性回归和分子的绝对数字样本插值曲线。gydF4y2Ba
统计分析gydF4y2Ba
单向方差分析和图基的测试被用于意味着比较使用gydF4y2BapgydF4y2Ba< 0.05。这些测试是用于数据了gydF4y2Ba图4gydF4y2Ba。gydF4y2Ba
预测蛋白质的障碍gydF4y2Ba
IUPred2A程序被用来预测sqADAR1的无序部分使用默认(长)设置(gydF4y2Ba劳动et al ., 2018gydF4y2Ba;gydF4y2BaErdős Dosztanyi, 2020gydF4y2Ba)。gydF4y2Ba
结果gydF4y2Ba
鱿鱼表达两个阿达尔月和一个ADAR-like蛋白质gydF4y2Ba
利用从鱿鱼和章鱼发表基因组和转录组(gydF4y2BaAlbertin et al ., 2015gydF4y2Ba;gydF4y2Ba阿龙et al ., 2015gydF4y2Ba;gydF4y2BaLiscovitch-Brauer et al ., 2017gydF4y2Ba;gydF4y2BaBelcaid et al ., 2019gydF4y2Ba;gydF4y2Ba·索珊et al ., 2021gydF4y2Ba;gydF4y2BaAlbertin et al ., 2022gydF4y2Ba;gydF4y2BaZhang et al ., 2023gydF4y2Ba),我们寻找达头足类同系物(我们的鱿鱼都以基于树的分类比较dsRBMs和DDs与脊椎动物亚稍后将在本节描述)。爆炸搜索使用人类阿达尔月一直显示三个(gydF4y2Ba图1一个gydF4y2Ba)。第一个是一个ADAR1直接同源。所有的脊椎动物ADAR1s共享一个共同的域结构(gydF4y2Ba图1一个gydF4y2Ba):它们包括Z-DNA绑定域(Z-α),伪Z-DNA绑定域(Z-β),三个dsRBMs,守恒的DD (gydF4y2Ba帕特森撒母耳,1995年gydF4y2Ba;gydF4y2Ba奥康奈尔et al ., 1998gydF4y2Ba)。基于主序列比较,sqADAR1直接同源股票这些特点:单个Z-α域,一个dsRBM, ADAR1-like DD (gydF4y2Ba图1一个gydF4y2Ba)。然而,值得注意的是,它缺乏Z-β域和两个dsRBMs。在自己的地方,它有一个长serine-rich域(阶跃恢复二极管;67∼623个氨基酸),其中包含磷酸化图案。基于爆炸数据库搜索,我们可以确定这个领域没有同系物。gydF4y2Ba
图1gydF4y2Ba。鱿鱼表达三种ADAR-like酶。gydF4y2Ba(一)gydF4y2Ba脊椎动物的示意图和鱿鱼都以和sqADAR /想。阿达尔月家族酶有着相似的结构域,包括DD(红色所示如果活跃或紫如果不活跃),和数量可变的dsRBMs(绿色)。Z-DNA绑定域名(黄色)是独一无二的ADAR1亚型,而R域(蓝色),ssRNA绑定域名,是脊椎动物ADAR3独特。sqADAR1展品小说领域,组成的丝氨酸富领域(阶跃恢复二极管)是独一无二的,任何已知的阿达尔月(灰色栏)。gydF4y2Ba(B)gydF4y2Ba树比较鱿鱼的dsRBMs阿达尔月和sqADAR /想与脊椎动物亚和ADADs。分析涉及17个氨基酸序列。为每个序列对所有模棱两可的位置被移除。总共有73个职位在最终的数据集。PKL dsRBM(干扰素诱导双链RNA-activated蛋白激酶蛋白)作为一个外围集团gydF4y2Ba(C)gydF4y2Ba树比较鱿鱼的DDs阿达尔月与脊椎动物亚。分析涉及8个氨基酸序列。为每个序列对所有模棱两可的位置被移除。gydF4y2Ba
第二个sqADAR也遇到了。这是一个ADAR2-ortholog克隆和特征(我们以前gydF4y2BaPalavicini et al ., 2009 agydF4y2Ba;gydF4y2BaPalavicini et al ., 2012gydF4y2Ba)。总是,脊椎动物ADAR2s有两个dsRBMs在糖基的n端和守恒的DD (gydF4y2Ba梅尔彻et al ., 1996)gydF4y2Ba;gydF4y2Ba戈贝尔et al ., 1997gydF4y2Ba)。gydF4y2Ba果蝇gydF4y2BaADAR2具有相同的域架构(gydF4y2Ba帕拉迪诺et al ., 2000 bgydF4y2Ba)。鱿鱼表达两种拼接变异ADAR2 (sqADAR2a和b)。sqADAR2b的域结构规范,像那些从脊椎动物gydF4y2Ba果蝇gydF4y2Ba,而sqADAR2a包含额外dsRBM n端。“额外”dsRBM被证明能增加sqADAR2a亲和力的RNA (gydF4y2BaPalavicini et al ., 2009 bgydF4y2Ba;gydF4y2BaPalavicini et al ., 2012gydF4y2Ba)。有趣的是,我们发现第三个蛋白质含有明显的腺苷脱氨酶域。我们把它命名为sqADAR /想因为它不能被归类为任何特定的直接直接同源是模棱两可的亚达达是否更类似于一个或一个ADAD(在以下段落进行更详细的描述)。域的结构,如脊椎动物ADAR2和ADAR3它有两个dsRBMs和DD。阿达尔月都是放大的完整序列,从神经系统cDNA克隆,桑格测序验证。sqADAR1序列和sqADAR /想给出gydF4y2Ba补充图S1gydF4y2Ba和序列sqADAR2a和sqADAR2b发表之前(gydF4y2BaPalavicini et al ., 2009 agydF4y2Ba)。gydF4y2Ba
鱿鱼都以基于树的分类使用dsRBMs或DDs。sqADAR1组织成一个通用的dsRBM ADAR1集群(gydF4y2Ba图1 bgydF4y2Ba)。sqADAR2, dsRBMs集群到一般人类ADAR2 / ADAR3集群。的第一个dsRBM sqADAR2 (dsRBM1;“额外”dsRBM特定sqADAR2A)组dsRBM2 hADAR2,gydF4y2Ba果蝇gydF4y2BaADAR2 hADAR3。与从hADAR2 dsRBM1 dsRBM2 sqADAR2组gydF4y2Ba果蝇gydF4y2BaADAR2和dsRBM3 sqADAR2 dsRBM2 hADAR2和组gydF4y2Ba果蝇gydF4y2BaADAR2。有趣的是dsRBM1 sqADAR /想没有dsRBMs亚达集团,也不是高信心ADAD dsRBMs。第二次与ADAR1s dsRBM组。当我们看DDs (gydF4y2Ba图1 cgydF4y2Ba),sqADAR1 DD显然是一个ADAR1-type sqADAR2显然是一个ADAR2-type。sqADAR /想组的信心较低的人类ADADs下手。gydF4y2Ba
鱿鱼gydF4y2Ba阿达尔月gydF4y2Ba基因结构gydF4y2Ba
鱿鱼和阿达尔月/想亚达的结构基因决定通过比较我们的cDNA序列sqADAR1, sqADAR2和sqADAR /想的基因模型预测gydF4y2Bad . pealeiigydF4y2Ba基因组(gydF4y2BaAlbertin et al ., 2022gydF4y2Ba)(gydF4y2Ba图2gydF4y2Ba)。的基因有很大区别。的编码区域sqADAR1和sqADAR2很大,分别生成∼120 KB和∼175 KB。在∼15 kB,编码区sqADAR /想相对较小。sqADAR1有10个外显子编码区域。有趣的是,外显子2编码Z-α域,阶跃恢复二极管和孤独dsRBM,表明阶跃恢复二极管,它是一种新型结构(在下一节中讨论),不是一个独立的exonization产生的事件。的DD sqADAR1由8种不同的外显子编码。∼75 kB,第一内含子sqADAR1很大。5编码外显子区域,sqADAR2就更简单了。可选的第一个dsRBM是由外显子编码2,第二个和第三个dsRBMs编码外显子3,DD是编码外显子4和5。 The first three introns of sqADAR2 are large, from ∼40 to 65 KB each. Although relatively small, the coding region of sqADAR/D-like is highly fragmented across 11 exons.
图2gydF4y2Ba。sqADAR1、sqADAR2 sqADAR /想基因。鱿鱼的示意图表示ADAR1 ADAR2,阿达尔月/想基因。外显子由深灰色框和内含子由浅灰色线。域编码在每个外显子也表示。dsRBM =双链RNA结合主题,阶跃恢复二极管=丝氨酸富领域,和弟弟=脱氨酶域。gydF4y2Ba
鱿鱼都以不同寻常的特性gydF4y2Ba
3的鱿鱼下手,sqADAR1最不同寻常的特性。除了缺乏2的3 dsRBDs ADAR1s Z-β域通常发现,它有一个阶跃恢复二极管(gydF4y2Ba图1一个gydF4y2Ba)。基于爆炸数据库搜索,coleoid之外的分支,没有其他类群表达一个ADAR1类似的领域。事实上,似乎没有任何蛋白质同源域的阶跃恢复二极管。在623个氨基酸,阶跃恢复二极管很大,占据了大部分的n端。预测其等电点在pH值9.39和7,其收费是20.22。大约20%的氨基酸是丝氨酸。此外,它富含赖氨酸和精氨酸,组成几乎12%的域。综上所述,这些氨基酸中的浓缩创建67潜在磷酸化网站。阶跃恢复二极管的一个显著特征是它预测高度无序(gydF4y2Ba图3一gydF4y2Ba;见的方法)。域的功能是完全未知的。gydF4y2Ba
图3gydF4y2Ba。鱿鱼ADAR1序列显示了障碍和广泛的self-editing序列。gydF4y2Ba(一)gydF4y2Ba序列预测中的障碍sqADAR1使用IUPred2A使用缺省参数。gydF4y2Ba(B)gydF4y2Ba在sqADAR1信使rna编辑。基于双峰值直接测序重复从鱿鱼的互补脱氧核糖核酸合成金五环,30 sqADAR1信使rna编辑网站已确定。四个站点(N110, K414、K750 K754)发生在相同的密码子,生成多种可能性。编辑百分比估计从electropherogram峰值。dsRBM =双链RNA结合主题,阶跃恢复二极管= serine-rich域,和弟弟=脱氨酶域。gydF4y2Ba
sqADAR1的另一个有趣的特性是,它自己的成绩单是广泛的编辑。我们放大整个ORF sqADAR1重叠的PCR扩增子使用巨大的纤维叶神经元(金五环;细胞体的轴突)互补dna作为模板。桑格测序显示30编辑网站(gydF4y2Ba图3 bgydF4y2Ba)。这些网站发生在所有领域sqADAR1并编辑不同的区段。两个网站在Z-α域,在相同的密码子。他们可以生成3选择氨基酸(N110D S或G)。有11个地点在5阶跃恢复二极管的密码子。有趣的是,所有编辑站点内的阶跃恢复二极管重新编码赖氨酸(gydF4y2BaAAAgydF4y2Ba)残留。三种密码子(K414 K750, K754)编辑在所有三个位置,导致结果K, E, G R或这些变化可能导致电荷逆转(K > E),一个侧链擦除(K > G)或最小变化(K > R)。有两个网站在单一dsRBM 4 dsRBM之间的链接器和DD, DD, 9和12重新编码。由于他们的位置,有些编辑事件值得强调(补充图1):N110对Z-DNA绑定(很重要gydF4y2Ba施瓦茨et al ., 1999gydF4y2Ba);K833 dsRBM内,对RNA绑定(很重要gydF4y2BaStefl et al ., 2006gydF4y2Ba);K1073 DD内,使直接接触的IPgydF4y2Ba6gydF4y2Ba分子的域折叠(gydF4y2Ba麦克白et al ., 2005gydF4y2Ba)。正如前面发表(gydF4y2BaPalavicini et al ., 2009 bgydF4y2Ba),也是高度编辑sqADAR2消息,尽管程度低于sqADAR1消息。不像sqADAR1或sqADAR2,没有发现编辑网站sqADAR /想mrna。gydF4y2Ba
sqADAR1功能而sqADAR /想不是gydF4y2Ba
接下来我们探讨sqADARs是否催化地活跃。在哺乳动物中,ADAR1和ADAR2可以转换腺苷在RNA肌苷,但ADAR3不能(gydF4y2Ba金正日et al ., 1994 agydF4y2Ba;gydF4y2Ba金正日et al ., 1994 bgydF4y2Ba;gydF4y2Ba奥康奈尔&凯勒,1994gydF4y2Ba;gydF4y2Ba戈贝尔et al ., 1997gydF4y2Ba;gydF4y2Ba赖et al ., 1997gydF4y2Ba;gydF4y2Ba奥康奈尔et al ., 1998gydF4y2Ba;gydF4y2Ba陈et al ., 2000gydF4y2Ba)。在先前的研究中,我们纯化sqADAR2a和sqADAR2bgydF4y2Bap . pastorisgydF4y2Ba和显示两种形式是积极的(gydF4y2BaPalavicini et al ., 2009 bgydF4y2Ba;gydF4y2BaPalavicini et al ., 2012gydF4y2Ba)。在这里,我们试图净化sqADAR1gydF4y2Bap . pastorisgydF4y2Ba但是没有成功(ADAR1s很难从不同的净化系统)是出了名的。然而,少量的sqADAR1可以从瞬变转染HEK293T细胞纯化(gydF4y2Ba图4一gydF4y2Ba)。sqADAR /想,另一方面,是容易净化gydF4y2Bap . pastorisgydF4y2Ba遵循同样的方法被用来净化sqADAR2 (gydF4y2BaPalavicini et al ., 2009 bgydF4y2Ba;gydF4y2BaPalavicini et al ., 2012gydF4y2Ba)。因此,即使他们不能从系统进行净化,我们能够测试的功能sqADAR1和sqADAR /想。应该注意的是,这两种毕赤酵母属pastoris和hek - 293细胞产生功能性sqADAR2 (gydF4y2BaPalavicini et al ., 2009 bgydF4y2Ba;gydF4y2BaPalavicini et al ., 2012gydF4y2Ba;gydF4y2BaVallecillo-Viejo et al ., 2020gydF4y2Ba)。gydF4y2Ba
图4gydF4y2Ba。重组sqADAR1 sqADAR /想并不是很活跃。gydF4y2Ba(一)gydF4y2Ba净化sqADAR1和sqADAR /想。(左面板)免疫印迹的sqADAR1净化HEK293T细胞。分数从倪筛选了gydF4y2Ba2 +gydF4y2Ba-NTA列显示。梯度凝胶溶解产物是运行在4% -20%,转移到PVDF膜。探讨了膜与主要抗体α-FLAG 1:3000后跟一个稳定的过氧化物酶共轭山羊anti-mouse(1:5,000)二级抗体。预测的大小sqADAR1∼137 kDa。请注意,这是容易降解。职位的蛋白质标准显示在左边。(右面板)的sds - page凝胶净化sqADAR /想gydF4y2Ba毕赤酵母属pastorisgydF4y2Ba。筛选了一部分从anti-FLAG列在4% - -20%梯度凝胶电泳和染色Coomassie蓝色。预测大小sqADAR /想71 kDa。再次,蛋白质标准表示的位置在左边。gydF4y2Ba(B)gydF4y2Ba薄层色谱分析的例子非特异性阿达尔月活动与放射性标记分析,perfect-duplex dsRNA。重组sqADARs与放射性标记dsRNA,孵化与P1核酸酶消化,紧随其后的是薄层色谱分离。gydF4y2Ba(C)gydF4y2Ba从编辑TLC分析化验与放射性标记dsRNA孵化sqADAR2a, sqADAR2b或sqADAR1独自或与1:1或1:5的比例sqADAR /想。一个我从Phosphorimager扫描转换计算的TLC盘子。n = 5±王新宏。m (ii)。星号指示意义gydF4y2BapgydF4y2Ba< 0.05。1 = sqADAR1, 2 = sqADAR2A 2 b = sqADAR2B和R / D = sqADAR /想。gydF4y2Ba
我们首先测试了重组sqADAR1和sqADAR /想杂乱地编辑的能力在很长一段perfect-duplex dsRNA使用非特异性试验(如前所述)(gydF4y2BaPalavicini et al ., 2009 bgydF4y2Ba;gydF4y2BaPalavicini et al ., 2012gydF4y2Ba)。总之,重组酶孵化711 bp完美包含αRNA双工gydF4y2Ba32gydF4y2BaP-labelled腺苷。如果这种酶被激活时,腺苷将转化为肌苷。孵化后,dsRNA衬底被消化成5′核苷一磷酸,并贴上核苷由薄层色谱(TLC)。作为一个积极的控制,sqADAR2a sqADAR2b给强大的催化活性转换48%±2%和53%±3%的→我的,分别是(gydF4y2Ba图4 bgydF4y2Ba)。sqADAR1活跃,43%±1%的转换→我的。sqADAR /想,另一方面,没有活动,即使添加多余的5倍。我们下一个测试是否混合sqADAR /想与sqADAR1 sqADAR2a, sqADAR2b会产生协同或拮抗效应。sqADAR /想,有趣的是,当添加过量,可能会阻止sqADAR2a sqADAR2b活动,但没有影响sqADAR1在同等条件下(gydF4y2Ba图4 cgydF4y2Ba)。总的来说,这些结果表明,sqADAR1 sqADAR2活跃,但sqADAR /想不是,尽管它可以调节sqADAR2s的活动。gydF4y2Ba
我们下一个测试sqADAR1编辑一个特定目标的能力gydF4y2Ba在体外gydF4y2Ba。作为这些实验的衬底,我们使用sqK信使rna编码的一部分gydF4y2BavgydF4y2Ba1.1通道,众所周知大量剪辑gydF4y2Ba在活的有机体内gydF4y2Ba(gydF4y2Ba罗森塔尔和Bezanilla, 2002gydF4y2Ba;gydF4y2Ba阿龙et al ., 2015gydF4y2Ba;gydF4y2BaLiscovitch-Brauer et al ., 2017gydF4y2Ba),可以在一些网站编辑gydF4y2Ba在体外gydF4y2Ba使用重组sqADAR2 (gydF4y2BaPalavicini et al ., 2009 bgydF4y2Ba;gydF4y2BaPalavicini et al ., 2012gydF4y2Ba)gydF4y2Ba。gydF4y2Ba我们孵化重组sqADAR1 sqKv1.1 mRNA和寻找编辑通过rt - pcr和桑格排序,使用sqADAR2a和sqADAR2b作为控制。我们专注于第一个300元,因为这个区域包含9网站编辑gydF4y2Ba在活的有机体内gydF4y2Ba。重复的例子在职位134、188和190所示gydF4y2Ba图5一个gydF4y2Ba。职位188年和190年被sqADAR2a编辑,sqADAR2b sqADAR1,尽管sqADAR1编辑在一个较低的程度上。位置134只是由sqADAR1编辑,没有见过sqADAR2a或sqADAR2b编辑。,sqADAR2a sqADAR2b编辑四个网站(V46V, S47G、D63G T64A;gydF4y2Ba图5 bgydF4y2Ba)。sqADAR1编辑的两个四(D63G和T64A)和一个额外的网站不是由sqADAR2a编辑或sqADAR2b (N45S)。因此在sqKgydF4y2BavgydF4y2Ba1消息,sqADARs重叠,但不同的特异性,和类似于脊椎动物ADAR1 ADAR2在这方面(gydF4y2Ba莱曼和低音,2000年gydF4y2Ba)。gydF4y2Ba
图5gydF4y2Ba。sqADAR1编辑sqKv1.1 mRNA。gydF4y2Ba(一)gydF4y2Ba重复的rt - pcr产品gydF4y2Ba在体外gydF4y2Ba与sqKv1.1信使rna编辑化验。星号表示编辑腺苷。gydF4y2Ba(B)gydF4y2Ba表总结编辑百分比为特定编辑网站中确定第一sqKv1.1的300个基点。Nt =的位置编辑腺苷在sqKv1.1羊痘疮。密码子指的是特定的密码子改变后编辑;n = 3±s.e.m。gydF4y2Ba
相对表达sqADARs鱿鱼组织gydF4y2Ba
我们接下来研究的相对表达三个sqADAR酶在三个神经(视叶,星状神经节和垂直叶)和一个非神经组织(gill)传播有关。这是使用qPCR完成。特定的引物对的设计为每个(亚达gydF4y2Ba补充表S2gydF4y2Ba)和测试,以确保他们与合适的放大效率。荧光反应监测期间积累使用禅宗/爱荷华州黑人FQ double-quenched FAM-coupled水解探测器(gydF4y2Ba补充表S2gydF4y2Ba)。达一个标准曲线构造为每个使用geneblock DNA片段对应目标扩增子达和被用来估计的数量定义的互补脱氧核糖核酸分子生成数量从每个组织的总RNA。鉴于RNA预备和逆转录之间的内在差异,以表达样本不能准确而组织样本之间不正常化看家基因。然而,在亚达的相对表达每个样本。gydF4y2Ba图6gydF4y2Ba表明ADAR1大多达高表达在神经组织,其次是ADAR2然后阿达尔月/想。在鳃,ADAR2是最高度表达,其次是ADAR1和阿达尔月/想在相似的水平。在神经系统内,ADAR1∼占总数的70%以消息和ADAR2∼25% (gydF4y2Ba图6 bgydF4y2Ba)。阿达尔月/想表达在低水平。相反,在吉尔达ADAR2∼占总数的70%的信息。有趣的是,在脊椎动物ADAR2通常比ADAR1神经系统中高度表达。gydF4y2Ba
图6gydF4y2Ba。相对sqADARs在不同组织的表达。相对表达的sqADARs是由qPCR紧张和非组织神经(见方法)。gydF4y2Ba(一)gydF4y2Ba阿达尔月分子的绝对数量在一个样本推断从标准曲线生成使用串行稀释的合成基因片段的扩增子编码。gydF4y2Ba(B)gydF4y2Ba的总分数从池中每个亚达总额的是来自中的数据gydF4y2Ba(一)gydF4y2BaSD n = 4和误差。gydF4y2Ba
讨论gydF4y2Ba
高层的重新编码的RNA编辑coleoid头足类动物显得独特,但底层的机制并不清楚。候选人的资料在这个研究提供了一个目录功能,可能导致广泛的编辑。我们还提供补充的完整列表功能sqADARs基于转录组、基因组学、功能分析和表达模式。脊椎动物,鱿鱼表达两个活动都以和催化地活动,和两个活动的演化支之间的同源。尽管有这些类似之处,两个活跃的鱿鱼都以拥有独特的领域。尤其引人注目的阶跃恢复二极管sqADAR1,额外dsRBM sqADAR2和mrna的编码都是自己广泛的编辑。gydF4y2Ba
两个活动sqADARs,从脊椎动物直接同源sqADAR1更发散。首先,它缺少Z-β域和两三个dsRBMs。除此之外,阿达尔月的阶跃恢复二极管是一个真正独特的特性,推测它的目的。pH值7阶跃恢复二极管很带正电,这可能促进非特异性结合的带负电荷的RNA骨干。这种RNA结合可以进一步通过磷酸化调节。在阶跃恢复二极管有67个潜在的磷酸化网站,以及这些负电荷减少RNA绑定服务,也许不同程度的信息。另一个层面的控制可以通过编辑腺苷残留在sqADAR1 mRNA本身。serine-rich地区总共有11码编辑网站在5赖氨酸,重新编码位置E, g R或这些变化会降低pKa,从而影响核糖核酸绑定。最后,阶跃恢复二极管预计内在无序;因此可能成为推动阶段划分、或促进颗粒与分区RNA sqADAR1协会。 The relationship between edited RNA and RNA phase separation/RNA granules is unexplored.
sqADAR1消息有很多编辑网站,有许多在阶跃恢复二极管以外的地区,和一些有明显的潜在的调节活动。例如,密码子可以编辑N110 D S或G这残留Z-DNA绑定(已被证明是重要的gydF4y2Ba施瓦茨et al ., 1999gydF4y2Ba)。可以编辑除了K833 dsRBM R,和这个位置已被证明改变识别和绑定dsRNA (gydF4y2BaStefl et al ., 2006gydF4y2Ba)。最后,可以编辑K1073 E在弟弟。结构数据显示,这一立场有助于协调知识产权gydF4y2Ba6gydF4y2Ba绑定(gydF4y2Ba麦克白et al ., 2005gydF4y2Ba)因此这个编辑可能影响折叠或催化。综上所述,阶跃恢复二极管,大量磷酸化主题和多个编辑站点内sqADAR1 mrna为结构多样性和人会创建一个巨大潜力推测sqADAR1的活动是严格控制的。gydF4y2Ba
的表达模式sqADARs跨组织的活动可能会提供一些线索。qPCR分析显示,sqADAR1是最高度表达同种型的神经系统和吉尔达sqADAR2是主要的。消息重新编码是神经系统的许多倍比其他组织,然而随机编辑在非编码区域均匀分散到组织(gydF4y2BaLiscovitch-Brauer et al ., 2017gydF4y2Ba;gydF4y2BaAlbertin et al ., 2022gydF4y2Ba)。因此,sqADAR1可能促进神经系统的重新编码和sqADAR2催化pan-tissue编辑。我们的gydF4y2Ba在体外gydF4y2Ba编辑结果sqKv1消息,然而,不同意这一观点。gydF4y2Ba
sqADAR2编辑4 9站点的衬底被编辑gydF4y2Ba在活的有机体内gydF4y2Ba(gydF4y2Ba罗森塔尔和Bezanilla, 2002gydF4y2Ba这些网站的第2),而sqADAR1编辑,和一个额外的一个gydF4y2Ba图5gydF4y2Ba)。常见的网站,sqADAR2编辑比sqADAR1更广泛。值得注意的是,4 9的网站找到gydF4y2Ba在活的有机体内gydF4y2Ba我们不是编辑sqADAR吗gydF4y2Ba在体外gydF4y2Ba化验。无法复制所有天然编辑站点gydF4y2Ba在体外gydF4y2Ba可能是由于这一事实整个结构所需的编辑不是编码衬底。例如,sqKgydF4y2BavgydF4y2Ba1.1 pre-mRNA包含一个非常大的基因内区之初pre-mRNA intronic序列的编码序列,没有包含在我们的衬底。另一个可能性是,还有其他配件蛋白质或rna在鱿鱼影响编辑选址。gydF4y2Ba
有趣的是,头足类动物和脊椎动物似乎都需要一个催化地活动ADAR-like蛋白质,至少在腺苷脱氨基作用。同样的不能说gydF4y2Ba果蝇,gydF4y2Ba其基因组编码一个下手,充分活跃ADAR2直接同源(gydF4y2Ba帕拉迪诺et al ., 2000 bgydF4y2Ba)。sqADAR /想一个域结构就像脊椎动物ADAR3 (2 dsRBMs和DD),然而序列编码这些元素并不比ADADs接近脊椎动物亚。在这项研究中,我们将展示sqADAR /想没有完美的双工dsRNA脱氨基作用活动。此外,不同于sqADARs,自己的信使rna似乎没有编辑。sqADAR /想缺乏活动支持的事实,关键是残留已知参与催化突变(gydF4y2Ba表1gydF4y2Ba)。这些包括三个位置坐标的两个活性部位的锌离子(C451S和C516A)和一个质子参与穿梭(E396A;gydF4y2Ba麦克白et al ., 2005gydF4y2Ba)。DD内残留物,使直接接触dsRNA (gydF4y2Ba马修斯et al ., 2016gydF4y2Ba)也不见了。事实上,从突变,sqADAR /想比人类ADAR3似乎更不正常。即使不活跃,我们已经表明,sqADAR /想能够抑制sqADAR2-mediated RNA编辑,但不是sqADAR1gydF4y2Ba在体外gydF4y2Ba。在脊椎动物中,hADAR3也已被证明能够抑制ADAR2活动(gydF4y2Ba陈et al ., 2000gydF4y2Ba)。sqADAR /想似乎没有cephalopod-specific爆炸搜索发现相似的最近ADAD-like分子描述其他软体动物(gydF4y2BaZhang et al ., 2023gydF4y2Ba)。ADADs作为rna结合分子发现在哺乳动物精子发生的必要条件gydF4y2Ba舒马赫et al ., 1995gydF4y2Ba;gydF4y2Ba斯奈德et al ., 2020gydF4y2Ba;gydF4y2Ba戴et al ., 2023gydF4y2Ba)。ADAD-like分子功能的软体动物是未知的。gydF4y2Ba
表1gydF4y2Ba。对不同的亚临界DD残留。的锌gydF4y2Ba2 +gydF4y2Ba螯合残留物,HgydF4y2Ba+gydF4y2Ba航天飞机,直接的IPgydF4y2Ba6gydF4y2Ba显示绑定残留重要脱氨基作用。残留间接绑定到IPgydF4y2Ba6gydF4y2Ba不包括通过一个水分子。重要的残留物,接触dsRNA也表示。残留不保守与hADAR2粗体所示。gydF4y2Ba
总之,鱿鱼阿达尔月的分子基础是复杂的。基因互补与脊椎动物的非常相似:一个ADAR1直接同源,一个ADAR2直接同源和第三个蛋白,可能扮演相同角色ADAR3, ADAD1或ADAD2,或者一个完全不同的角色。许多在这些基因的功能,然而,似乎是唯一的头足类动物。特别感兴趣的是sqADAR1的阶跃恢复二极管,额外的sqADAR2 dsRBM,广泛self-editing的成绩单。最新进展CRISPR-Cas9介导基因淘汰赛中头足类动物的使用将使我们更彻底地探索这些功能的目的,更好的理解机制高层RNA coleoid重新编码的头足类动物。gydF4y2Ba
数据可用性声明gydF4y2Ba
最初的贡献提出了研究中都包含在这篇文章/gydF4y2Ba补充材料gydF4y2Ba,进一步的调查可以针对相应的作者。gydF4y2Ba
道德声明gydF4y2Ba
伦理审查和批准没有所需的动物研究,因为所有的头足类动物在MBL工作目前由IACUC复查,但自2021年以来只到位。在这个手稿的大部分工作完成之前需要伦理审查。所有当前工作罗森塔尔实验室IACUC已经认可了。gydF4y2Ba
作者的贡献gydF4y2Ba
小管理研究项目。JR IV-V,问实验的构想。4所示收集和分析数据gydF4y2Ba图1gydF4y2Ba,gydF4y2Ba4gydF4y2Ba,gydF4y2Ba5gydF4y2Ba。小和IV收集和分析数据所示gydF4y2Ba图2gydF4y2Ba,gydF4y2Ba3gydF4y2Ba。全球之声在收集和分析数据gydF4y2Ba图6gydF4y2Ba。CA生成的树gydF4y2Ba图2gydF4y2Ba。小和IV写的手稿。全球之声,CA, EE, NL-B手稿编辑。所有作者的文章和批准提交的版本。gydF4y2Ba
资金gydF4y2Ba
这项研究是由美国国家科学基金会2220587(小),NSF-BSF 2110074 (JR, EE), NSF 1827509(小),净水器2013094 (EE, JR),和草基金会(小)。全球之声是由博士后奖学金Wenner-Gren基金会的支持gydF4y2Ba
确认gydF4y2Ba
我们要感谢海洋资源中心和海洋生物实验室的头足类资源中心提供标本。作者还要感谢胡安-帕布鲁Palavicini提供建设性的建议。gydF4y2Ba
的利益冲突gydF4y2Ba
作者声明,这项研究是在没有进行任何商业或财务关系可能被视为一个潜在的利益冲突。gydF4y2Ba
出版商的注意gydF4y2Ba
本文表达的所有索赔仅代表作者,不一定代表的附属组织,或出版商、编辑和审稿人。任何产品,可以评估在这篇文章中,或声称,可能是由其制造商,不保证或认可的出版商。gydF4y2Ba
补充材料gydF4y2Ba
本文的补充材料在网上可以找到:gydF4y2Bahttps://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgeed.2023.1181713/full补充材料gydF4y2Ba
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张,R。,Deng, P., Jacobson, D., and Li, J. B. (2017). Evolutionary analysis reveals regulatory and functional landscape of coding and non-coding RNA editing.公共科学图书馆麝猫。gydF4y2Ba13日,e1006563。doi: 10.1371 / journal.pgen.1006563gydF4y2Ba
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关键词:gydF4y2Ba鱿鱼,Doryteuthis pealeii,头足类动物,RNA编辑,阿达尔月,腺苷脱氨基作用、基因重新编码gydF4y2Ba
引用:gydF4y2BaVallecillo-Viejo IC,沃斯克、Albertin CB Liscovitch-Brauer N,艾森伯格E和罗森塔尔JJC达(2023)乌贼表达守恒的直接同源,具有新颖的特性。gydF4y2Ba前面。基因组。gydF4y2Ba5:1181713。doi: 10.3389 / fgeed.2023.1181713gydF4y2Ba
收到:gydF4y2Ba07年3月2023;gydF4y2Ba接受:gydF4y2Ba2023年5月15日;gydF4y2Ba
发表:gydF4y2Ba2023年6月05。gydF4y2Ba
编辑:gydF4y2Ba
特雷弗·索雷尔gydF4y2Ba耶鲁大学,美国gydF4y2Ba审核:gydF4y2Ba
米哈伊尔·盖尔芬德gydF4y2Ba(RAS)研究所,信息传输问题,俄罗斯gydF4y2Ba汇泉刘gydF4y2Ba,西农大学,中国gydF4y2Ba
玛丽·安妮·奥康奈尔gydF4y2Ba欧洲理工学院、中央(CEITEC), CzechiagydF4y2Ba
版权gydF4y2Ba©2023 Vallecillo-Viejo,沃斯、Albertin Liscovitch-Brauer,艾森伯格,罗森塔尔。这是一个开放分布式根据文章gydF4y2Ba知识共享归属许可(CC)。gydF4y2Ba使用、分发或复制在其他论坛是允许的,提供了原始作者(年代)和著作权人(s)认为,最初发表在这个期刊引用,按照公认的学术实践。没有使用、分发或复制是不符合这些条件的允许。gydF4y2Ba
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__gydF4y2Ba现在地址:gydF4y2Ba伊莎贝尔c . Vallecillo-Viejo生物医学工程系和儿科,范德比尔特大学,范德比尔特大学医学中心,TN、美国纳什维尔gydF4y2Ba