雷竞技rebat遗传学前沿|最新文章 https://www.雷竞技rebatfrontier雷竞技电竞体育竞猜平台sin.org/journals/genetics 遗传学前沿|最新文章的RS雷竞技rebatS提要 en - us 雷竞技rebat边疆馈电发生器,版本:1 2022 - 12 - 26 t16:08:44.7025851 + 0 60 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1016341https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1016341混合人群慢性肾脏疾病APOL1检测的精准医疗实施挑战 2022 - 12 - 15 - t00:00:00z Giovanna Câmara Giudicelli Celia Mariana Barbosa De Souza 弗朗西斯科Veríssimo维罗纳 Lygia V. Pereira Tabita Hunemeier 费尔南达·萨莱斯·路易斯·维安娜 慢性肾脏疾病(CKD)是一个由遗传和环境危险因素引起的公共卫生问题。载脂蛋白L1基因中的两个等位基因(<斜体>APOL1)与慢性肾脏疾病相关;这些等位基因在非洲血统的个体中很常见,但在欧洲后裔中很少见。对非裔美国人的基因组研究表明,与其他种族群体相比,非裔美国人慢性肾病的患病率和严重程度更高。然而,低收入和中等收入国家的估计数仍然有限。精准医疗方法可以通过早期诊断和特异性治疗改善载脂蛋白L1基因风险等位基因携带者的临床结果。然而,为了加强对这些变异的研究定义,有必要将样本中具有不同血统的个体包括在内,如拉丁美洲人、非洲裔美国人和土著人民。有证据表明,测量遗传血统可以改善混合人群的临床护理。对于慢性肾脏疾病,这一知识可以帮助建立监测患者的公共卫生策略,并了解载脂蛋白L1遗传变异在混合人群中的影响。因此,研究人员需要为脆弱和弱势社区开发资源、方法和激励措施,以制定和实施精准医疗战略,并有助于巩固科学和临床实践中的精准医疗多样性 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1081842https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1081842利用基于自我注意的神经网络和迁移学习预测组蛋白修饰的基因表达 2022 - 12 - 14 - t00:00:00z 陈优奇人 民主路谢 杰温 众所周知,组蛋白修饰在各种染色质依赖过程中起着重要作用,如DNA复制、修复和转录。利用计算模型预测基于组蛋白修饰的基因表达已被深入研究。然而,所提出模型的准确性仍有提高的空间,特别是在跨细胞系基因表达预测方面。在这项工作中,我们提出了一个基于深度学习的新模型TransferChrome来预测组蛋白修饰的基因表达。该模型使用密集连接的卷积网络捕获组蛋白修饰数据的特征,并使用自注意层聚合数据的全局特征。对于跨细胞系的基因表达预测,TransferChrome采用迁移学习来提高预测精度。我们在来自REMC数据库的56种不同细胞系上训练和测试了我们的模型。实验结果表明,该模型的曲线下面积(Area Under The Curve, AUC)平均得分为84.79%。与三种最先进的模型相比,TransferChrome提高了大多数细胞系的预测性能。跨细胞系基因表达预测实验表明,TransferChrome是一种预测跨细胞系基因表达的有效模型 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1051766https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1051766lncRNA H19多态性与癌症易感性的关联:一项基于53项研究的最新荟萃分析 2022 - 12 - 14 - t00:00:00z 迎迎元 Yachun王 小东牛 云冈汉 文博李 美锦程 郑李 焦褐色 悦赵 魏王 lncRNA H19多态性与癌症易感性之间的关系仍不一致。本研究旨在基于所有已发表的研究,对lncRNA H19多态性与癌症风险之间的关系进行更精确的估计。我们通过检索Pubmed、Embase、Web of Science、万方和中国国家知识基础设施数据库,纳入了53项研究,包括32,376例病例和43,659例对照。通过汇总or及其95% ci来估计H19中SNPs (rs217727、rs2839698、rs2107425、rs3024270、rs2735971、rs3741216和rs3741219)与癌症易感性之间的强度。结果表明,在三种遗传模型下,H19 rs2839698多态性与所有参与者的癌症风险增加相关。然而,在其他6个snp以及整体癌症风险之间没有发现显著的关联。种族分层显示,rs2839698突变是亚洲人群的重要危险因素。而rs2107425突变对白种人有保护作用。癌症类型分层发现rs217727突变与口腔鳞状细胞癌、肺癌和肝细胞癌易感性增加有关;而rs2839698突变与血液肿瘤和消化系统肿瘤风险升高相关(<斜体>p < 0.05). Besides, the rs2735971 mutation was connected with the digestive system tumor. In summary, the rs217727, rs2839698, rs2107425 and rs2735971 polymorphisms in H19 have associations with cancer susceptibility.

https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1053685https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1053685细胞周期蛋白CCNB1和CCNG1的差异表达参与大骨节病的软骨细胞损伤 2022 - 12 - 14 - t00:00:00z Kaidiriye Setiwalidi Jialei傅 他喜 Shaniya努尔人 Feiyu张 Sijie陈 延利提供刘 飞鸿陈 Shujin李 然王 吴一帆 易龚 Minhan胡 Ruitian黄 捐赠刘 Tianxiao张 洁具宁 Hongmou赵 熊郭 本研究的目的是阐明细胞周期蛋白CCNB1和CCNG1的差异表达与大骨节病软骨细胞损伤的关系。我们对大骨节病患者的软骨细胞进行了系统回顾和高通量测序,以鉴定细胞周期蛋白和细胞周期蛋白依赖性激酶基因的差异表达。同时,断奶SD大鼠用低硒治疗4周,然后用T-2毒素治疗4周。收集膝关节软骨,收集软骨细胞进行基因表达谱分析。最后,通过免疫组化染色验证大骨节病患者和正常对照组膝关节软骨组织中CCNB1和CCNG1蛋白的表达水平。系统综述发现52个软骨疾病相关细胞周期蛋白及细胞周期蛋白依赖激酶基因,其中23个基因在大骨节病中共表达,其中15个基因上调,8个基因下调。在低硒饮食和T-2毒素暴露干预下,CCNB1 (FC = 0.36)和CCNG1 (FC = 0.73)在大鼠关节软骨中的表达呈下降趋势。与正常对照组相比,大骨节病关节软骨浅表区和中间区CCNB1蛋白分别下调71.98%和66.27%,深层区CCNB1蛋白上调12.06%。CCNG1蛋白在浅层表达下调45.66%,在中深层表达上调12.19%和9.13%。细胞周期蛋白CCNB1和CCNG1的差异表达可能与大骨节病关节软骨损伤有关 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1078790https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1078790基于共刺激分子预测肺鳞癌免疫微环境亚类的新诊断模型 2022 - 12 - 14 - t00:00:00z 芳芳段 王Weisen【周伟森】 正为温榆翟 Junye王 Zerui赵 谎言郑 Bingyu饶 誉恒周 郝长 Yaobin林

对于非小细胞肺癌患者的免疫治疗反应仍然没有理想的预测生物标志物。共刺激分子在抗肿瘤免疫应答中发挥作用。因此,它们可能是免疫治疗反应的潜在生物标志物。目前的研究全面研究了共刺激分子在肺鳞癌(LUSC)中的表达,并确定了免疫治疗反应的诊断生物标志物。从The Cancer Genome Atlas、GSE73403和GSE37745数据集中获得了627例患者的共刺激分子基因表达谱。采用k-means聚类方法将患者分为不同的聚类,并根据ESTIMATE算法的免疫评分进一步分为两个差异肿瘤微环境(TIME)亚类(热肿瘤和冷肿瘤)。高比例的活化免疫细胞,包括活化记忆CD4 T细胞,CD8 T细胞,M1巨噬细胞。使用最小绝对收缩和选择算子和支持向量机递归特征消除机器学习算法,将5个cgs (FAS、TNFRSF14、TNFRSF17、TNFRSF1B和TNFSF13B)作为诊断标记。基于这5种cmg,我们开发了一种用于预测TCGA数据集中单个肿瘤免疫微环境亚类的诊断nomogram,并使用GSE73403和GSE37745数据集验证了其预测性能。诊断nomogram的预测准确性在所有三个数据集中都令人满意。 Therefore, it can be used to identify patients who may benefit more from immunotherapy.

https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.957915https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.957915SYNGAP1基因突变导致中国常染色体显性5型智力障碍患者的表型和基因型分析 2022 - 12 - 13 - t00:00:00z Yanxin王 Yuqiang Lv 乎李 最小值高 Xiaomeng杨 李越 建国史 Zaifen高 易刘 Zhongtao丐帮 常染色体显性智力障碍5型(MRD5)是一种罕见的神经发育障碍(NDD),以智力障碍(ID)、发育迟缓(DD)和癫痫为主要特征,由< >SYNGAP1基因的杂合突变引起。<斜体>SYNGAP1突变在中国人群中很少报道。在这里,我们在中国北部省份山东的一个ID和DD临床队列中进行了<斜体>SYNGAP1突变的研究,以进一步探索基因型和表型的相关性。

<粗体>方法:一项回顾性研究对10名在2014年1月至2022年5月期间被诊断患有ID、DD和癫痫的<斜体>SYNGAP1突变的儿童进行了研究。收集临床资料和基因检测。对患者进行治疗并定期随访,密切关注患者预后。

<粗体>结果:我们描述了10个不相关的患病个体,具有<斜体>SYNGAP1突变,表现为ID、DD、癫痫或癫痫发作。10例患者<斜体>SYNGAP1突变除3例患者父亲不可用外,均为<斜体>de novo,包括5个无义突变,2个移码突变,2个剪接突变,1个密码子缺失。在这些突变中,5个是新的,其他5个是以前报道过的。值得注意的是,所有癫痫患者对抗癫痫药物敏感,尤其是丙戊酸钠。此外,康复训练似乎对患者的运动发展比语言发展有更大的改善作用。

<粗体>结论 10例携带<斜体>SYNGAP1突变的患者被诊断为MRD5。 Five novel genetic mutations were found, which expanded the mutational spectrum of the SYNGAP1 gene. The identification of these mutations in this study helps explore the relationship between genotypes and phenotypes and contributes to genetic counseling and therapeutic intervention for patients with MRD5.

https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1070428https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1070428药物滥用和严重COVID-19的风险:孟德尔随机化证实了阿片类药物的因果作用,但暗示了大麻素的负面因果影响 2022 - 12 - 13 - t00:00:00z 礼萨·贾巴拉梅里先生 张正东 自COVID-19全球大流行开始以来,我们对潜在疾病机制和与疾病严重程度相关的因素的了解大大增加了。最近的一项研究调查了美国物质使用障碍(SUD)与严重COVID-19风险之间的关系,并得出结论,COVID-19导致住院和死亡的风险与药物滥用直接相关,包括阿片类药物使用障碍(OUD)和大麻使用障碍(CUD)。虽然我们发现这一分析很有趣,但我们认为,由于合并症(如高血压、糖尿病和心血管疾病)混淆了SUD对严重COVID-19疾病的直接影响,这一观察结果可能存在偏差。为了回答这个问题,我们试图调查药物滥用和药物服用史(作为合并症的代理特征)与COVID-19不良结果风险之间的因果关系。我们的孟德尔随机化分析证实了OUD和严重的COVID-19疾病之间的因果关系,但表明大麻素具有相反的因果关系。考虑到COVID-19的死亡率在很大程度上归因于免疫调节紊乱,大麻素在缓解细胞因子风暴方面可能的调节作用值得进一步研究 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1015531https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1015531生物标志物驱动的药物用于生物学上相似的dna修复缺陷癌症 2022 - 12 - 13 - t00:00:00z 再见,阿瓦德胡特 Tasnimul Alam Taz 苏珊Arslanturk 伊丽莎白·希斯

疾病之间相似的分子和遗传畸变可以导致在生物学上相似的疾病中发现共同重要的治疗方案。肿瘤学家仔细观察了几种激素依赖性癌症,并在其DNA修复途径异常中发现了显著的病理和分子相似性。尽管同源重组(HR)通路的缺陷在癌症进展中起着重要作用,但可能存在其他dna修复通路缺陷,需要仔细研究。在本文中,通过生物标志物驱动的药物再利用模型,我们基于常见的特定生物标志物,而不考虑肿瘤起源于器官,确定了几种潜在的候选药物,用于患有dna修复缺陷的乳腺癌和前列腺癌患者。采用归一化折现累积增益(NDCG)和敏感性分析评价药物再利用模型的性能。我们的研究结果表明,米托蒽醌和染料根素是具有高治疗效果的药物,对于同源重组(HR)通路缺陷的患者,它们可以显著逆转由疾病引起的基因表达变化(FDR校正前列腺癌的p值分别为1.225e-4和8.195e-8)。提出的多癌症治疗框架,适用于癌症具有共同特异性生物标志物的患者,有潜力通过整合多种癌症来丰富研究人群,并针对对器官特异性治疗反应不佳的患者,从而确定有前途的候选药物 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1021649https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1021649解决全球神经精神病学和行为基因组学研究中的多样性和包容性挑战 2022 - 12 - 13 - t00:00:00z 奥利维亚·p·马特沙贝恩 卡兰德拉·g·惠泰德 劳拉·m·科利 神经精神病学和行为基因组学的进步为更好地理解人类大脑、行为和相关疾病提供了重要的机会。这些进步可以帮助我们预防、管理和/或治疗复杂的疾病。然而,这些学科面临的严峻挑战是多样性。在发现研究所需的基因组参考数据集、不同社区参与转化研究以及多样化和多学科科学团队方面,这两个领域都缺乏多样性。这是一个挑战,因为在我们推进研究活动的过程中,为了增加全球所有人口的代表性和包容性,在各个层面上都需要多样性。缺乏多样性可能导致无法利用这些领域的科学创新造福世界各地的所有人,也意味着错过了解决普遍存在的全球卫生不平等问题的机会。在这篇评论中,我们指出了在专注于发现和转化科学的同时实现多样性目标的三个持久障碍。此外,我们就如何推进努力并迅速实现神经精神病学和行为基因组学的多样性和包容性提出了四点建议。如果不系统地解决这些领域的多样性差距,科学的好处可能就不是相关的,也不是所有人都能获得的 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1019283https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1019283先天性糖基化障碍的围产期表现——早期诊断的线索 2022 - 12 - 13 - t00:00:00z 米蕾Greczan Dariusz Rokicki 这样Wesoł-Kucharska 马格达莱纳河Kaczor Agata Rawiak Aleksandra Jezela-Stanek n-糖基化缺陷-单独的或与其他糖基化缺陷混合-是最常见的先天性糖基化障碍,主要出现在儿童时期,具有非特异性表型特征的特定组合。然而,诊断往往被推迟。本研究的目的是描述先天性n -糖基化障碍的围产期表型。我们对一组24例单中心波兰n -糖基化缺陷患者的围产期症状进行了分析——分离或混合。本文扩展了CDGs的围产期表型,并表明围产期出现的一些独特的症状组合应在鉴别诊断中提高CDGs的怀疑 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1063233https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1063233对单单元ATAC-seq数据的自动单元类型注释工具进行基准测试 2022 - 12 - 13 - t00:00:00z Yuge王 摘要太阳 宏宇赵 随着单细胞染色质可及性分析方法的进步,scATAC-seq在候选调控基因组区域及其在发育、进化和疾病过程中的作用的研究中变得越来越重要。同时,细胞类型注释对于理解复杂组织的细胞组成和识别潜在的新细胞类型至关重要。然而,大多数可以执行自动单元格类型注释的现有方法都被设计为将标签从注释的scRNA-seq数据集传输到另一个scRNA-seq数据集,目前尚不清楚这些方法是否适用于注释scATAC-seq数据。最近提出了几种从scRNA-seq数据到scATAC-seq数据的标签转移方法,但缺乏对这些方法性能的基准研究。在这里,我们评估了五种scATAC-seq注释方法的分类准确性和可扩展性,使用来自小鼠和人类组织(包括脑、肺、肾、PBMC和BMMC)的公开单细胞数据集。以BMMC数据为基础,我们进一步研究了这些方法在不同数据大小、错标率、测序深度和scATAC-seq特有的细胞类型数量下的性能。桥式集成是唯一一种需要额外多模态数据且不需要基因活性计算的方法,总体上是最好的方法,对数据大小、错标率和测序深度的变化具有鲁棒性。Conos是最节省时间和内存的方法,但在预测精度方面表现最差。scJoint倾向于将单元格分配到相似的单元格类型,对于具有深度注释的复杂数据集表现相对较差,但对于仅具有主要标签注释的数据集表现较好。scGCN和Seurat v3的性能一般,但scGCN是最耗时的方法,并且具有与scATAC-seq特有的细胞类型随机分类器最相似的性能 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1069921https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1069921乳腺癌免疫原性细胞死亡风险评分预后模型的构建 2022 - 12 - 13 - t00:00:00z 陵李 建元冯 Ting王 Mingcui李 韩愈张 志远荣 Weilun程 Yunqiang段 Ziang陈 安邦胡 天水余 Jiarui张 余杭商 李翊云邹 范马 Baoliang郭 免疫原性细胞死亡(ICD)是一种引起免疫反应的调节细胞死亡形式。ICD的常见诱因包括癌症化疗和放射治疗。更好地了解ICD可能有助于修改当前的抗癌治疗方案,特别是免疫治疗。本研究旨在鉴定乳腺癌(BC)中icd相关的预后基因特征。基于癌症基因组图谱和基因表达综合数据集,使用Lasso-cox回归和Kaplan-Meier生存分析开发了基于icd的基因预后特征。建立了预测BC患者预后的nomogram模型。采用基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GESA)和基因集变异分析(Gene Set Variation Analysis, GSVA)探讨高危组和低危组的差异表达信号通路。应用CIBERSORT和ESTIMATE算法研究不同危险人群肿瘤微环境免疫状态的差异。根据公开资料,选取6个基因(<斜体>CALR、<斜体>CLEC9A、<斜体>BAX、<斜体>TLR4、<斜体>CXCR3、<斜体>PIK3CA)构建和验证BC预后模型。GSEA和GSVA分析发现,低危组免疫相关基因集富集。 Moreover, immune cell infiltration analysis showed that the immune features of the high-risk group were characterized by higher infiltration of tumor-associated macrophages and a lower proportion of CD8+ T cells, suggesting an immune evasive tumor microenvironment. We constructed and validated an ICD-based gene signature for predicting prognosis of breast cancer patients. Our model provides a tool with good discrimination and calibration abilities to predict the prognosis of BC, especially triple-negative breast cancer (TNBC).

https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1053999https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1053999常染色体隐性原发性肥厚性骨关节病SLCO2A1突变患者首选依托昔布治疗:一例报告 2022 - 12 - 13 - t00:00:00z Areej Albawa 'neh Mariam gareeb Al Mansoori Sehriban迪亚布 法特玛·阿尔·贾丝米 Nadia Akawi 我们报告了一名22岁的阿联酋男性常染色体隐性原发性肥厚性骨关节病,其病因可能是<斜体>SLCO2A1基因(NM_005630.3: c.289C>T, p. Arg97Cys)的纯合子非同义变异(NM_005630.3: c.289C>T, p. Arg97Cys),表现为关节肿胀、额头皱纹和所有手指和脚趾明显的棍伤。目前,还没有批准针对这种疾病的标准治疗方法;医疗护理是姑息性的,包括非甾体类抗炎药、皮质类固醇、他莫西芬、类维生素a和利塞膦酸盐。秋水仙碱可能有助于治疗骨膜下新骨形成引起的疼痛。我们的患者接受etoricoxib 60 mg治疗,每天一次,在6个月的时候表现出显著的临床改善,在停药后逆转。本病例报告强调了将依托昔布作为确诊原发性肥厚性骨关节病的一线治疗建议的重要性。据我们所知,这是中东阿拉伯族群中唯一一例对非甾体抗炎药物治疗有反应的原发性肥厚性骨关节病 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1071270https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1071270PSME2识别乳腺癌中的免疫热肿瘤,并与免疫治疗的良好治疗反应相关 2022 - 12 - 13 - t00:00:00z 岑吴 任中 大的太阳 佳洁史 乳腺癌(BrCa)是一种异质性疾病,在世界范围内导致女性预后不理想。已有研究证实,肿瘤免疫微环境(tumor immune microenvironment, TIME)在乳腺癌的发生、进展和治疗耐药中起着至关重要的作用。然而,与TIME特征相关的生物标志物尚未被完全发现。蛋白酶体激活复合物亚基2 (PSME2)是蛋白酶体激活子亚基基因家族的一员,在蛋白酶体介导的蛋白质降解中起着关键作用。在本研究中,我们全面分析了蛋白酶体激活复合物亚基2在乳腺癌中的表达及其免疫相关性。蛋白酶体激活复合物亚基2在肿瘤组织中显著上调,但预后良好。此外,蛋白酶体激活复合物亚基2在her2阳性乳腺癌中过表达,但与其他临床病理特征无关。有趣的是,蛋白酶体激活复合物亚基2与乳腺癌中的免疫相关过程和识别的免疫热时间呈正相关。具体而言,蛋白酶体激活复合物亚基2与免疫调节剂、肿瘤浸润免疫细胞(TIICs)、免疫检查点和肿瘤突变负担(TMB)水平呈正相关。此外,在组织微阵列(TMA)队列中证实了蛋白酶体激活复合物亚基2与PD-L1表达之间的正相关。 Furthermore, in an immunotherapy cohort of Breast cancer, patients with pathological complete response (pCR) expressed higher Proteasome activator complex subunit 2 compared with those with non-pathological complete response. In conclusion, Proteasome activator complex subunit 2 is upregulated in tumor tissues and correlated with the immuno-hot tumor immune microenvironment, which can be a novel biomarker for the recognition of tumor immune microenvironment features and immunotherapeutic response in Breast cancer.

https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1077729https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1077729江西省四氢生物蝶呤缺乏症患者PTS基因突变谱分析 2022 - 12 - 13 - t00:00:00z 康谢 Baitao曾 浏阳张 Shaohong陈 Yongyi邹 作为元 Shuhui黄 风王 清路 Yanqiu刘 挤逼抢杨

背景:高苯丙氨酸血症(HPA)是氨基酸代谢中最常见的先天性错误。主要分为苯丙氨酸羟化酶(PAH)缺乏症和四氢生物蝶呤(BH4)缺乏症。BH4缺陷(BH4D)是由参与BH4生物合成和再生的酶的遗传缺陷引起的。6-pyruvoyl-tetrahydropterin synthase (PTPS/PTS)由<斜体>PTS基因编码,参与BH4的生物合成。PTPS缺乏症(PTPSD)是BH4D的主要原因。在本研究中,我们调查了江西省BH4D的患病率约为12.5 / 100万活产(69/5,541,627)。此外,BH4D在江西HPA人群中的频率估计为28.8%(69/240)。在本研究中,我们旨在分析江西省PTPSD患者<斜体>PTS基因的突变谱。

<粗体>方法:分析江西省1997 - 2021年新生儿筛查资料,入组53个PTPSD家庭,采用Sanger测序方法分析<斜体>PTS基因变异。

结果:在53例PTPSD患者的106个等位基因中鉴定出106个变异,包括先前报道的13种变异,以及2种新变异(c.164-36A>G和c.146_147insTG)。主要变异为c.259C>T(47.2%),其次为c.84-291A>G(19.8%)、c.155A>G(8.5%)、c.286G>A(6.6%)和c.379C>T(4.7%)。

Conclusion: The results of this study can not only provide guidance for the molecular diagnosis and genetic counseling in cases of PTPS deficiency but also enrich the PTS mutation database.

https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.796681https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.796681肾上腺皮质癌预后预测和肿瘤微环境的低氧危险评分 2022 - 12 - 13 - t00:00:00z 邓渊源 李辉煌 Jinglan傅 应聚氨酯 应张 《陈 羽通 Huixia刘

<粗体>背景:肾上腺皮质癌(ACC)是一种罕见的源于肾上腺皮质的恶性内分泌肿瘤。由于其高度侵袭性,肾上腺皮质癌患者的预后并不令人印象深刻。缺氧存在于绝大多数实体肿瘤中,有助于侵袭、转移和耐药。本研究旨在揭示缺氧在肾上腺皮质癌中的作用,并开发一种用于肾上腺皮质癌预后预测的缺氧风险评分(HRS)。

<粗体>方法:从分子特征库中获取缺氧相关基因。肾上腺皮质癌患者的训练队列从癌症基因组图谱下载,而另外三个具有全面生存数据的验证队列从基因表达集合收集。此外,我们利用随机生存森林模型构建了一个缺氧分类器。此外,我们还探讨了肾上腺皮质癌缺氧风险评分与免疫表型的关系,以评估免疫检查抑制剂(ICI)治疗的疗效和患者的预后。

<粗体>结果: HRS和肿瘤分期被认为是独立的预后因素。HRS与免疫周期活性、免疫细胞浸润和T细胞炎症评分呈负相关。因此,我们认为低缺氧风险评分组为炎症免疫表型,而高HRS组为非炎症免疫表型。此外,HRS与常见免疫检查点分子如PD-L1、CD200、CTLA-4和TIGIT的表达呈负相关,这表明低缺氧风险评分的患者对免疫治疗的反应更好。

<粗体>结论:我们开发并验证了一种新的缺氧风险评分,以预测肾上腺皮质癌患者对免疫检查抑制剂治疗的免疫表型和反应。 These findings not only provide fresh prognostic indicators for adrenocortical carcinoma but also offer several promising treatment targets for this disease.

https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1077159https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1077159内生真菌产生的次级代谢产物,交替链孢,作为潜在的抑制人类免疫缺陷病毒 2022 - 12 - 13 - t00:00:00z 布鲁斯Nzimande Hezekiel M. Kumalo Sizwe I. Ndlovu Nompumelelo P. Mkhwanazi 抗逆转录病毒治疗显著降低了人体免疫缺陷病毒感染和死亡率。然而,目前的治疗方案受到不良副作用、耐药性的出现以及无法消除病毒库的限制。在这里,从<斜体>硬核birrea和<斜体>Hypoxis植物中分离到15种内生真菌。15株分离物的粗提物<斜体> alternnaria alternata(菌株ID PO4PR1, PO4PR2和PO2PL1)在抑制浓度(IC50)为0.017 ~ 1.170 μg/ml时对TZM-bl细胞系具有抗hiv -1活性。在0.3 ~ 50.2 ng/ml浓度范围内,三种粗提物对pmcs和CD4+ T细胞也保持了病毒复制抑制作用。固相萃取部分纯化和气相色谱-质谱联用分析显示出不同的分布。通过峰面积、保留时间、相似度等指标对活性化合物进行了鉴定。GC-MS分析的主要化合物为<斜体>A。Alternata显示存在环三硅氧烷八甲基(22.92%);Propaninitrile (16 67%); Pyrrolol[1,2-a]pyrazine-1,4-dione, hexahydro-3-(2-methyl propyl) (10.42%); Silane, diethylethoxy(2-ethoxyethyloxy) (4.17%); Coumarin, 3,4-dihydro-4,5,7-trimethyl- 4,5,7-Trimethyl-2-chromanone (13.7%) and 1,2-Cyclobutanedicarbonitrile (2.08%) with previously reported biological activities such as antimicrobial, anti-inflammatory and antioxidant properties. Therefore, these bioactive compounds from A. alternata fungal endophytes could be repurposed as potential anti-HIV agents. This study showed the potential of endophytic fungi, Alternaria alternata from S. birrea, and Hypoxis species as producers of anti-HIV compounds.

https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1087818https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1087818DNAAF4纯合突变导致一个中国家庭原发性纤毛运动障碍 2022 - 12 - 13 - t00:00:00z 郭亮江 一派邹 灵芝长 我他 鑫Lv 渊源汉 婷婷么 燕张 毛江 Zhangzhe彭 Lijian道 魏谢 杰孟 原发性纤毛运动障碍(PCD)是一种罕见的常染色体隐性遗传疾病,影响运动纤毛的结构和功能,导致典型的临床表型,如反位、慢性鼻窦炎、支气管扩张、反复肺炎和不孕不育。在本研究中,我们通过经典的临床表现、透射电镜和免疫荧光染色诊断了一名女性PCD患者,该患者出生在一个近亲家庭。通过全外显子组测序筛选出新的<斜体>DNAAF4变体NM_130810: c.1118G>A (p. G373E)。随后,我们通过质粒转染、免疫共沉淀等一系列实验,从蛋白表达、稳定性以及与下游DNAAF2蛋白相互作用三个方面探讨了突变对DNAAF4蛋白的影响。最后,我们证实了<斜体>DNAAF4的突变通过降低DNAAF4蛋白的稳定性而导致PCD,但DNAAF4蛋白的表达和功能不受影响 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1018632https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1018632利用SLAF-seq全基因组snp和线粒体标记对新疆托莱兔(Lepus Tolai)进行群体遗传学分析 2022 - 12 - 12 - t00:00:00z Miregul Mamat Wenjuan山 Pengcheng董 羽周 彭刘 杨孟 Wenyue聂 Peichen腾 Yucong张 种群遗传学和进化生物学的主要主题是生态环境、地理隔离和气候因素对种群结构和历史的影响。在此,我们估计了两个托莱兔亚种(<斜体>Lepus Tolai Pallas, 1778)、<斜体>L的遗传多样性、遗传结构和种群历史。居住在新疆北部和西北部的t. lehmanni和<斜体>L。利用特异性长度扩增片段测序(SLAF-seq)和4个线粒体DNA (mtDNA)的SNP对新疆中东部地区的中华绒蜱(t. centrasiaticus)进行了研究。结果表明,托莱兔具有较高的遗传多样性,<斜体>L。t. lehmanni略高于<斜体>L。centrasiaticus,可能是由于生态环境较好,如林地和平原<斜体>。从SNP和mtDNA的系统发育分析表明,托莱兔的系统地理分布大致相同。在<斜体>L中,两个亚种和两个地理类群之间存在较强的分化。T. centrasiaticus,可能是由于山区、盆地和沙漠的地理隔离。 However, gene flow was also detected between the two subspecies, which might be attributed to the Tianshan Corridor and the strong migration ability of hares. Tolai hare population differentiation occurred at approximately 1.2377 MYA. Population history analysis based on SNP and mtDNA showed that the Tolai hare population has a complex history and L. t. lehmanni was less affected by the glacial event, possibly because its geographic location and terrain conditions weaken the drastic climate fluctuations. In conclusion, our results indicated that the joint effect of ecological environment, geographic events, and climatic factors might play important roles in the evolutionary process of L. t. lehmanni and L. t. centrasiaticus, thus resulting in differentiation, gene exchange, and different population history.

https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1062293https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1062293识别脓毒症相关急性肾损伤的分子机制并预测潜在药物 2022 - 12 - 12 - t00:00:00z Guangfeng郭 Yunting王 Wanyu口 华甘

<粗体>目的:通过铁下垂基因对SA-AKI <斜体>的诊断和治疗提供见解。方法:基于GSE57065、GSE30718和GSE53771三个数据集,我们采用加权共表达网络分析,鉴定SA-AKI的关键调控因子及其潜在的生物学功能,构建miRNA-mRNA复合物调控关系。我们还进行了机器学习和<斜体>体外细胞实验,以确定两个数据集中与SA-AKI显著相关的铁下垂基因。CIBERSORT算法评估了22种免疫细胞的浸润程度。我们通过Pearson相关分析比较了铁下垂症与免疫细胞的相关性,并验证了与免疫反应相关的关键基因,以揭示潜在的诊断标志物。最后,我们通过预测药物对脓毒性肾损伤的疗效和潜在的治疗靶点。

<粗体>结果:我们发现了264个cogs,涉及1800个miRNA分子,对应210个cogs。构建miRNA-mRNA ceRNA相互作用网络,获得前10个枢纽节点。我们获得了排名前20位的铁脱落基因,其中11个位于交叉位点。我们还在AKI数据集中确定了铁坠病基因和免疫细胞之间的关系,这表明中性粒细胞被激活,调节性T细胞被超越。最后,我们确定EHT1864和salubrinal为潜在的治疗药物。

Conclusion: This study demonstrated the roles of miR-650 and miR-296-3p genes in SA-AKI. Furthermore, we identified OLFM4, CLU, RRM2, SLC2A3, CCL5, ADAMTS1, and EPHX2 as potential biomarkers. The irregular immune response mediated by neutrophils and Treg cells is involved in the development of AKI and shows a correlation with ferroptosis genes. EHT 1864 and salubrinal have potential as drug candidates in patients with septic acute kidney injury.