雷竞技rebat分子生物科学前沿|最新文章 https://www.雷竞技rebatfrontier雷竞技电竞体育竞猜平台sin.org/journals/molecular-biosciences 分子生物科学前沿|最新文章雷竞技rebat的RSS提要 en - us 雷竞技rebat边疆馈电发生器,版本:1 2022 - 12 - 20 - t02:21:20.6129359 + 0 60 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1074701https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1074701ATG8蛋白在自噬及其他过程中的典型和非典型作用 2022 - 12 - 19 - t00:00:00z 史蒂文·爱德华·里德 Srinivasa Prasad Kolapalli Thorbjørn M. Nielsen 丽莎·b·弗兰克尔 在自噬过程中,ATG8家族蛋白在促进自噬的早期、中期和晚期步骤中有几个明确的作用,包括自噬体扩张、货物募集和自噬体-溶酶体融合。他们的发现使得对通路进行精确的实验监测成为可能,在过去的几十年里,这一领域的研究得到了极大的扩展。在这篇综述中,我们讨论了自噬脂化机制的典型和非典型作用,特别关注ATG8蛋白,它们的翻译后修饰,以及它们通过在不同膜上的锚定介导的越来越多的替代作用。这些包括核内体、大粒小体、吞噬体和质膜,ATG8蛋白可以通过典型或替代脂化作用与它们结合。除了新的ATG8结合伙伴和货物类型之外,我们还探索了几个与自噬机制参与的替代结果相关的开放问题。这包括它们在质膜修复和所选底物分泌中的作用,以及在健康和疾病中的生理意义 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1056121https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1056121VCAM-1、MCP-1和ADMA血清水平升高与类风湿性关节炎相关间质性肺疾病肺纤维化相关 2022 - 12 - 19 - t00:00:00z Veronica Pulito-Cueto 莎拉Remuzgo-Martinez 费尔南达风格 Belen Atienza-Mateo Víctor M.莫拉-奎斯塔 大卫Iturbe-Fernandez Leticia Lera-Gomez María Sebastián莫拉-吉尔 戴安娜Prieto-Pena 维吉尼亚Portilla 里卡多·布兰科 阿方索柯拉勒斯 J. Gonzalo Ocejo-Vinyals Oreste Gualillo 伊凡Ferraz-Amaro José M. Cifrián 拉奎尔Lopez-Mejias 米格尔·a·González-Gay 简介:类风湿性关节炎(RA)相关性间质性肺疾病(ILD)的早期诊断对临床医生来说是一个挑战。肺血管病变与间质性肺疾病的发生有关。因此,我们旨在探讨血管细胞粘附分子-1 (VCAM-1)、单核细胞趋化蛋白-1 (MCP-1)和不对称二甲基精氨酸(ADMA)在RA-ILD+中作为肺纤维化潜在生物标志物的作用。

<粗体>方法:我们纳入了21例RA-ILD+患者和两组比较:25例RA-ILD-患者和21例特发性肺纤维化患者。ELISA法检测血清分子水平,qPCR法检测mRNA表达量。结果:与RA-ILD-和IPF患者相比,RA-ILD+患者VCAM-1、MCP-1和ADMA血清水平升高。此外,与RA-ILD-患者相关,RA-ILD+患者<斜体>CCL2(基因编码MCP-1)和<斜体>PRMT1(与ADMA合成相关的基因)mRNA表达增加。与IPF患者相比,RA-ILD+患者中<斜体>VCAM1、<斜体>CCL2和<斜体>PRMT1表达较低。此外,在RA- ild +患者中,MCP-1血清水平和<斜体>PRMT1 mRNA表达与RA病程呈正相关,ADMA血清水平与c反应蛋白呈正相关。结论:我们的研究表明,VCAM-1、MCP-1和ADMA可作为RA患者ILD的有效生物标志物,并可区分RA-ILD+与IPF,有助于早期诊断RA-ILD+.

https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1066793https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1066793翅膀上的刺:小带大黄蜂(Vespa affinis)毒液的蛋白质转录组和生化分析 2022 - 12 - 19 - t00:00:00z 8月Sunagar Suyog Khochare Anurag Jaglan 共同Senthil Vivek Suranse 不同的动物谱系趋同地将毒液作为捕获猎物、反捕食者防御、同种竞争或两者结合的武器。然而,大多数研究主要局限于一个狭窄的分类学范围。锥蜗牛、蛇、蜘蛛和蝎子的毒液仍被深入研究。很少有人探索的是黄蜂(膜翅目)的毒液,它们因引起剧烈和悸动的疼痛而臭名昭著,这证明了它们在施密特疼痛指数中的顶端位置是正确的,包括一些被评为4分之4的毒液。例如,小带状黄蜂(<斜体>V。affinis)尽管在亚洲热带和亚热带地区普遍存在,但在临床上具有重要意义,但仅是少数研究的主题。来自这些黄蜂,特别是来自一个巢的多个个体,通常会导致严重的临床表现,包括肥大细胞增多症,重症肌无力,视神经病变,以及危及生命的病理,如心肌梗死和器官衰竭。然而,它们的毒液成分和活性在印度次大陆仍未被探索。在这里,我们报道了<斜体>V的蛋白质组组成、转录组谱以及生化和药理活性。affinis来自印度南部的毒液。 Our findings suggest that wasp venoms are rich in diverse toxins that facilitate antipredator defence. Biochemical and pharmacological assessments reveal that these toxins can exhibit significantly higher activities than their homologues in medically important snakes. Their ability to exert potent effects on diverse molecular targets makes them a treasure trove for discovering life-saving therapeutics. Fascinatingly, wasp venoms, being evolutionarily ancient, exhibit a greater degree of compositional and sequence conservation across very distant populations/species, which contrasts with the patterns of venom evolution observed in evolutionarily younger lineages, such as advanced snakes and cone snails.

https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1104942https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1104942钙在钙调素调节死亡相关蛋白激酶变构调节中的作用机制研究 2022 - 12 - 19 - t00:00:00z 枭龙李 Bo李 小君李 茗杨 玉树呗 Kai陈 自强陈 Ningfang毛

钙(Ca2+)信号通路在多种细胞功能的调节中起着重要作用。Ca2+-结合蛋白钙调蛋白(CaM)是钙功能的主要效应因子。Ca2+/CaM与死亡相关蛋白激酶1 (DAPK1)结合,调节细胞内信号通路。然而,Ca2+对DAPK1−CaM相互作用构象动力学的影响机制尚不清楚。在这里,我们对DAPK1−CaM复合物在Ca2+结合和非结合状态下进行了大规模分子动力学(MD)模拟,以揭示Ca2+的重要性。MD模拟表明,Ca2+的去除增加了DAPK1与CaM之间的反相关畴间运动,削弱了DAPK1与CaM之间的相互作用。结合自由能计算验证了在Ca2+- unbinding状态下,DAPK1 - CaM相互作用减少。结构分析进一步表明,Ca2+的去除导致了DAPK1 - CaM界面构象的显著变化,特别是CaM上的α1、α2、α4、α6和α7螺旋以及DAPK1上的碱性环和磷酸结合环发生了明显的变化。这些结果可能有助于理解Ca2+在生理过程中的生物学作用 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1095142https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1095142正常和癌症干细胞中的蛋白质素合化 2022 - 12 - 19 - t00:00:00z Qiuhong朱 Panpan梁 Cuiying楚 爱里张 Wenchao周 具有自我更新和分化能力的干细胞在正常组织和恶性肿瘤中发挥着关键作用。尽管干细胞被认为在基因上与非干细胞相同,但细胞的干性是由分子机制的动态网络刻意调节的。可逆的翻译后蛋白质修饰(PTMs)是一种快速可逆的非遗传过程,基本上可以调节所有的生理和病理过程。大量研究报道了翻译后蛋白质修饰在获得和维持细胞干性中的作用。最近的研究强调了蛋白质素酰化的重要性,即小泛素样修饰物(SUMO)的共价附着,作为干细胞群发育和肿瘤发生中的关键翻译后蛋白质修饰。本文就蛋白质素酰化在不同类型的正常干细胞和癌症干细胞中的作用作一综述。此外,我们还描述了与细胞干性相关的蛋白质素酰化的上游调控因子和下游效应因子。我们还介绍了以sumo化为靶点的干细胞用于疾病治疗的转化研究。最后,我们提出了干细胞sumo化研究的未来方向 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1070080https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1070080微秒长的模拟揭示了抗疟先导化合物对falcipain-2和falcipain-3双重抑制的分子机制 2022 - 12 - 19 - t00:00:00z Ammar Usman Danazumi Emmanuel Oluwadare Balogun

最新的世界疟疾报告显示,疟疾造成的人类死亡人数目前正在上升,目前每年超过627 000人。此外,任何时候都有超过2.4亿人感染艾滋病。这些数字使疟疾成为最主要的传染病,并重申需要继续努力开发新的化疗方法。疟疾是一种主要由原生动物细胞内寄生虫<斜体>恶性疟原虫引起的传染病,由蚊子传播。关于恶性蛋白酶(半胱氨酸蛋白酶)在血红蛋白分解代谢中的核心作用的报道很多,它为疟原虫细胞提供在宿主体内发育和生存所需的氨基酸。尽管恶性疟素(FPs)已被验证为开发新的抗疟药物的药物靶分子,但其抑制性化合物都没有超过早期发现阶段。因此,有新的努力来扩大恶性蛋白酶抑制剂的收集。结果,一个有趣的发现报告了喹啉基草酰胺衍生物(QOD)和吲哚羧胺衍生物(ICD)的发现,每个化合物都对两种必需的FP亚型2 (FP-2)和3 (FP-3)表现出良好的效力。本研究采用微秒级分子动力学模拟计算方法,研究了FP-2和FP-3与喹啉基草酰胺衍生物和吲哚羧胺衍生物的相互作用。结果表明,喹啉基草酰胺衍生物和吲哚羧酰胺衍生物在两种酶的活性位点紧密结合。 Interestingly, despite belonging to different chemical scaffolds, they are coordinated by almost identical amino acid residues via extensive hydrogen bond interactions in both FP-2 and FP-3. Our report provided molecular insights into the interactions between FP-2 and FP-3 with quinolinyl oxamide derivative and indole carboxamide derivative, which we hope will pave the way towards the design of more potent and druglike inhibitors of these enzymes and will pave the way for their development to new antimalarial drugs.

https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1093369https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1093369靶向肺内皮细胞促进血管生成和再生:一项应用综述 2022 - 12 - 19 - t00:00:00z 萨瓦斯·t·齐基斯 托马斯·赫希 斯科特·c·弗里戈 Mikayla奎格利 马克布丁

肺内皮细胞构成肺血管床,占肺细胞的大多数。肺ec除了在气体交换中的作用外,还形成了一个专门的微环境或生态位,在健康和疾病中发挥重要作用。在早期发育中,祖细胞通过血管生成指导肺泡发育。出生后,肺ec被认为在衰老过程中保持其再生能力。因此,利用EC生态位的力量,特别是促进血管生成和肺泡再生具有潜在的临床应用。在这里,我们专注于与发育性肺部疾病相关的转化研究,包括肺发育不全和支气管肺发育不良。本文还概述了研究急性肺损伤后ECs在肺再生中的作用。这些疾病的特点都是发病率和死亡率很高,现有的治疗方法有限,既影响幼儿,也影响成人 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1053888https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1053888质粒parB通过作用于生物膜的形成和全局基因调控,在体内参与尿路致病性大肠杆菌定植 2022 - 12 - 16 - t00:00:00z 政法的歌 亨利·德·格里夫 Quanjun王 jean - pierre Hernalsteens Zhaoli李 尿路致病性<斜体>大肠杆菌 (UPEC)菌株UTI89所携带的内源性质粒pUTI89在感染急性期发挥重要作用。分区基因<斜体>parB对pUTI89的稳定遗传具有重要意义。但质粒上的分配基因在UPEC发病机制中的作用仍有待进一步研究。在本研究中,我们观察到<斜体>parB基因的破坏导致体外生物膜形成<斜体> 。此外,在野生型菌株和<斜体>parB突变体的混合感染中,在上升的UTI小鼠模型中,突变体不仅在急性感染阶段,而且在感染后72小时内显示出较低的膀胱和肾脏细菌负担。然而,在单次感染试验中,<斜体>parB突变体的定植能力下降仅在膀胱6 hpi处观察到,而在肾脏中未观察到。恢复了<斜体>parB补充菌株的体内定殖能力<斜体> 。qRT-PCR分析表明,ParB可能是一种全局调控因子,可同时影响内源性质粒和染色体上基因的表达,而<斜体>parA或<斜体>parAB操纵子则不能。我们的研究表明<斜体>parB通过影响生物膜的形成而影响UPEC的毒力,并提出内源性质粒的<斜体>parB基因可以全面调控基因的表达 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1027236https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1027236基质蛋白CCN家族通过调节免疫、基质、茎干和代谢参与低度gioma的不良预后 2022 - 12 - 16 - t00:00:00z Zhihui刘 吴的论著 挂霁 Hongtao赵 王芳 加威盾 Jiheng张 南王 Xiuwei严 王彩排 韶山胡

<粗体>背景:基质蛋白CCN家族参与调控许多重要的生物学功能。然而,CCN蛋白在低级别胶质瘤(LGG)中的作用尚不清楚。

<粗体>方法:基于多个队列的RNA-seq谱来探索CCN蛋白的临床意义。采用LASSO回归分析构建CCNScore。利用PanCanAtlas数据和MEXPRESS数据库来阐明分子基础。

<粗体>结果: LGG中CCN4的表达与不良预后相关。CCNScore (CCN1 = 0.06, CCN4 = 0.86)对预后预测、亚型评估和治疗方案选择具有重要意义。高ccnscore组基因突变模式与胶质母细胞瘤相似,EGFR、PTEN、NF1突变频繁。此外,高ccnscore组主要由经典样和间充质样样品组成,甲基化水平较低,干性较高,炎症程度较高,细胞外基质重塑水平较高,代谢途径功能障碍较高。另一方面,低ccnscore组主要由idh突变LGG组成,其特征为TP53、CIC和ATRX基因突变、超甲基化状态、较低的干性、较低的增殖、免疫平静和较低的细胞外基质硬度。

<粗体>结论:总之,这些结果概述了CCN家族在LGG中的作用,并提供了一个潜在和有前景的治疗靶点 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1080964https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1080964通过深度RNA测序和分子动力学模拟鉴定COVID-19患者非ace2阻断中和抗体及其机制基础 2022 - 12 - 16 - t00:00:00z 阿尔杰·m·弗雷德里克斯 凯尔·w·伊斯特 Yuanjun史 金禅秉持刘 Federica Maschietto 阿尔弗雷德·阿亚拉 威廉·g·乔菲 玛雅·科恩 威廉·g·费尔布拉泽 克雷格·t·勒福特 杰拉德·j·诺 米切尔·m·列维 Jimin王 维克多·巴蒂斯塔 乔治·p·里斯 肖恩·f·莫纳汉

严重急性呼吸综合征冠状病毒-2 (SARS-CoV-2)的变体继续引起疾病并损害治疗的有效性。来自完全康复患者的聚合中和抗体(nab)的治疗潜力已在新药物的几个早期阶段进行了探索。在这里,我们通过外周血深度RNA测序(>1亿reads),确定了在单一中心重症监护室收治的患者中,最初引发的NAbs (Ig Heavy, Ig lambda, Ig kappa)以应对COVID-19感染,并将其作为预测疾病严重程度的诊断工具,并作为确定特定代偿性NAb治疗的手段。在ICU入院期间的多个时间点前瞻性地收集临床数据,并鉴定NAb CDR3片段的氨基酸序列。与非幸存者相比,COVID-19重症幸存者的SARS-CoV-2 3类抗体(C135)明显更多(15059.4 vs. 1412.7, <斜体>p = 0.016)。除了强调RNA测序在揭示不同结果的COVID-19患者独特的NAb谱方面的效用外,我们还通过结合分子动力学模拟的>原子建模为我们的发现提供了物理基础。我们建立了3类NAb C135与SARS-CoV-2刺突蛋白的相互作用,提出了抑制<斜体>通过多重构象的机制基础,可以有效地阻止ACE2与刺突蛋白结合,尽管C135没有直接阻断ACE2结合基序。总的来说,我们证明了深度RNA测序与结构建模相结合,为识别和理解由于内源性产生不良而缺乏某些免疫反应的个体中的新型治疗性nab提供了新的潜力。我们的研究结果表明,当这些nab的完整序列可用时,可能有一个给药的机会窗口。一种涉及在最早感染时间对感染SARS-CoV-2或其变体的患者进行快速深度RNA测序的方法,可以帮助开发使用已识别的特定nab的个性化治疗方法 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1000932https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1000932CXG重复障碍中RNA细胞器的细胞内和细胞间运输:弱联系的强度 2022 - 12 - 16 - t00:00:00z Deepti Kailash Nabariya 安妮卡亨氏 塞布丽娜Derksen Sybille Krauß

RNA是一种重要的生物分子,其功能受到严格的时空调控。RNA细胞器是一种无膜或被膜包裹的生物结构。它们由所有的细胞产生,并沉迷于重要的细胞机制。它们包括细胞内RNA颗粒和细胞外泌体。RNA颗粒在细胞内调控RNA定位、稳定性和翻译中起着重要作用。RNA的异常调节与疾病的发展有关。例如,在CXG重复扩增障碍等微卫星疾病中,突变CXG重复RNA的定位和功能受到影响。RNA不仅在细胞内运输,还可以通过外泌体在细胞间运输。外泌体的负载受RNA-蛋白质复合物的调节,最近的研究表明胞浆RNA颗粒和外泌体具有共同的含量。因此,细胞内RNA颗粒与外泌体负载可能相关。 Exosomes can also transfer pathogenic molecules of CXG diseases from cell to cell, thereby driving disease progression. Both intracellular RNA granules and extracellular RNA vesicles may serve as a source for diagnostic and treatment strategies. In therapeutic approaches, pharmaceutical agents may be loaded into exosomes which then transport them to the desired cells/tissues. This is a promising target specific treatment strategy with few side effects. With respect to diagnostics, disease-specific content of exosomes, e.g., RNA-signatures, can serve as attractive biomarker of central nervous system diseases detecting early physiological disturbances, even before symptoms of neurodegeneration appear and irreparable damage to the nervous system occurs. In this review, we summarize the known function of cytoplasmic RNA granules and extracellular vesicles, as well as their role and dysfunction in CXG repeat expansion disorders. We also provide a summary of established protocols for the isolation and characterization of both cytoplasmic and extracellular RNA organelles.

https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1102158https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1102158肺癌放疗靶向gstp1依赖性铁下垂:现有证据和未来方向 2022 - 12 - 16 - t00:00:00z 鑫谭 湘黄 宝隆妞妞 兴东郭 肖垒 宝华曲 约70%的肿瘤患者接受放疗,但肿瘤细胞的放射抗性仍然是限制放疗疗效的一个挑战。铁下垂是一种铁依赖性脂质过氧化调节的细胞死亡,参与多种肿瘤的发展。有趣的是,有证据表明,铁下垂诱导剂在肿瘤治疗中可以显著提高放疗敏感性。此外,相关研究表明,谷胱甘肽s -转移酶P1 (GSTP1)与铁坠病的发生密切相关。本文提出了靶向GSTP1抑制肿瘤细胞逃避铁坠症导致放射耐药的潜在机制,这意味着GSTP1可能通过铁坠症通路在肺癌的放射致敏中发挥关键作用 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1100285https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1100285细胞衰老模式的特征可以预测肝细胞癌的预后和治疗反应 2022 - 12 - 16 - t00:00:00z Yuqin唐 Chengbin郭 陈产物 Yongqiang张 背景:肝细胞癌(HCC)是一种常见的恶性肿瘤,死亡率很高。细胞衰老是一种不可逆的细胞周期阻滞状态,在癌症进展中起着矛盾的作用。本研究旨在通过细胞衰老相关基因(CSGs)鉴定肝细胞癌亚型,构建细胞衰老相关基因亚型预测器和新的预后评分系统,预测肝细胞癌的临床结局和治疗反应。

方法:肝细胞癌患者RNA-seq数据及临床资料来源于The Cancer Genome Atlas (TCGA)和国际癌症基因组联盟(ICGC)。“多分裂”选择用于筛选稳健的预后细胞衰老相关基因。进行无监督聚类以识别csgs相关亚型,并通过多种统计方法获得判别模型。采用LASSO-Cox回归和逐步回归构建基于csgs的预后模型- csgscore。利用免疫表型(IPS)和肿瘤免疫功能障碍和排斥(TIDE)评价免疫治疗反应。利用肿瘤干性指标mRNAsi和mDNAsi分析CSGscore与肿瘤干性的关系。

结果:使用238个稳健的预后差异表达细胞衰老相关基因(DECSGs)将TCGA-LIHC队列中的336例肝细胞癌患者分为两组不同的生存期。我们确定TOP2A和KIF11这两个枢纽基因为关键指标,并利用这两个枢纽基因形成一个精确而简洁的细胞衰老相关基因亚型预测器。 Five genes (PSRC1, SOCS2, TMEM45A, CCT5, and STC2) were selected from the TCGA training dataset to construct the prognostic CSGscore signature, which could precisely predict the prognosis of hepatocellular carcinoma patients both in the training and validation datasets. Multivariate analysis verified it as an independent prognostic factor. Besides, CSGscore was also a valuable predictor of therapeutic responses in hepatocellular carcinoma. More downstream analysis revealed the signature genes were significantly associated with stemness and tumor progression.

Conclusion: Two subtypes with divergent outcomes were identified by prognostic cellular senescence-related genes and based on that, a subtype indicator was established. Moreover, a prognostic CSGscore system was constructed to predict the survival outcomes and sensitivity of therapeutic responses in hepatocellular carcinoma, providing novel insight into hepatocellular carcinoma biomarkers investigation and design of tailored treatments depending on the molecular characteristics of individual patients.

https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1030749https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1030749一组具有稳定表达模式的血液来源的miRNAs作为潜在的泛癌症检测特征 2022 - 12 - 15 - t00:00:00z 阿米尔Sabbaghian Veronika Mussack Benedikt基什内尔 Maria L. U. Bui Mohammad Reza Kalani Michael W. Pfaffl Masoud Golalipour 简介: MicroRNAs在转录组调控中具有重要作用。几种mirna被认为是不同恶性肿瘤的潜在生物标志物。然而,关于miRNA生物标记物在癌症检测中的能力,已经报道了相互矛盾的结果。人类的生物钟包括随着时间的推移调节几个基因的分子机制。因此,采样时间成为基因表达研究的重要因素之一。

<粗体>方法:在本研究中,我们试图寻找在不同时间点表达水平波动最小的miRNAs,这些miRNAs可能是更准确的诊断生物标志物。分析了10个健康个体9个时间点的小RNA-seq原始数据,以确定稳定表达的mirna。

<粗体>结果:我们发现了五种振荡模式。在11种癌症类型的779个small-RNA-seq数据集中研究了稳定的miRNAs。选择所有差异表达最高的mirna进行进一步分析。我们对所选miRNAs的功能通路进行了探索。 The predominantly enriched pathways were miRNA in cancer and the P53-signaling pathway. Finally, we have found seven miRNAs, including miR-142-3p, miR-199a-5p, miR-223-5p, let-7d-5p, miR-148b-3p, miR-340-5p, and miR-421. These miRNAs showed minimum fluctuation in healthy blood and were dysregulated in the blood of eleven cancer types.

Conclusion: We have found a signature of seven stable miRNAs which dysregulate in several cancer types and may serve as potential pan-cancer biomarkers.

https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.910950https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.910950透明相关双胍亚家族:胰腺腺癌的新型预后生物标志物和肿瘤微环境调节因子 2022 - 12 - 15 - t00:00:00z Bixi张 清胡 Yanchun李 Canxia徐 Xiaoran谢 彭刘 美华徐 斯明龚 吴皓 透明相关的双胍亚家族包括透明同源物1 (DIAPH1), DIAPH2和DIAPH3。DIAPHs在调控肌动蛋白成核和聚合以及微管稳定性中发挥作用。DIAPH3还调节有丝分裂纺锤体的组装和双极性。越来越多的证据表明,在恶性肿瘤中,DIAPHs被异常调节。在本研究中,我们回顾了癌症基因组图谱数据库,发现DIAPHs在胰腺腺癌(PAAD)中大量表达。此外,我们利用几个完善的数据库中的数据分析了PAAD中DIAPHs的基因改变谱、蛋白表达、预后和免疫反应性。此外,我们进行了基因集富集分析,探讨了DIAPHs在PAAD发病中的潜在机制。最后,我们对几种胰腺癌细胞系和患者组织中DIAPHs的表达进行了实验验证。这项研究表明,在PAAD中,DIAPHs的表达与临床预后、致癌特征基因集、T辅助2细胞浸润、浆细胞样树突状细胞浸润、骨髓源性抑制细胞浸润、免疫评分和免疫检查点之间存在显著相关性。这些数据可能为DIAPHs在肿瘤发生和PAAD免疫治疗中的作用和机制提供重要信息 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1091757https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1091757PDX1是胰腺β细胞功能和特性的基石 2022 - 12 - 15 - t00:00:00z 努尔Ebrahim Ksenia Shakirova Erdem那样预言正发党胜利Dashinimaev 糖尿病多年来一直是一个世界性的健康问题。目前治疗糖尿病的方法仍然主要针对症状,旨在控制病理表现。这就产生了寻找替代措施的总体需求,这些措施可以影响疾病的原因,逆转糖尿病,或使其更易于控制。了解β细胞在糖尿病发病机制中的作用及其相关功能对对抗糖尿病具有重要意义。PDX1是胰腺器官发生、β细胞的成熟和身份保存以及它们在正常胰岛素功能中的作用的主要调节因子。PDX1基因突变与许多胰腺功能障碍相关,包括胰腺发育不全(纯合突变)和MODY4(杂合突变),而在其他类型的糖尿病中,PDX1表达降低。因此,治疗糖尿病的替代方法主要依赖于PDX1调控的知识,它与其他转录因子的相互作用,以及它在通过分化和转分化协议获得β细胞中的作用。本文就PDX1的基本功能及其受遗传和表观遗传因子的调控进行综述。最后,我们总结了用于从替代细胞来源获得β细胞的不同分化方案,单独使用PDX1或与各种转录因子和修改的培养条件联合使用。这篇综述显示了PDX1作为糖尿病遗传和细胞治疗的潜在靶点的独特地位 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1072242https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1072242从出生到死亡的截击质膜蛋白:j结构域蛋白的作用 2022 - 12 - 15 - t00:00:00z Preeti Sagarika Kirpa Yadav 的孩子叫Sahi 质膜(PM)蛋白的功能、稳定性和周转对细胞稳态至关重要。相对于可溶性蛋白,质膜蛋白的质量控制极具挑战性。不符合高质量控制标准对细胞和组织健康有害。j结构域蛋白(jdp)是最多样化的伴侣蛋白之一,它与其他伴侣蛋白和蛋白质降解机制合作,以监督细胞蛋白质质量控制(PQC)。尽管碎片化,但来自不同模型(包括酵母、哺乳动物和植物)的现有文献表明,JDPs通过内吞或蛋白酶体降解途径协助PM蛋白的合成、折叠、运输到目的地以及降解。此外,一些jdp直接与膜相互作用,以调节蛋白质在PM的稳定性和/或功能。出现的反卷图是PM蛋白在整个生命周期中从一个JDP传递到另一个JDP,进一步强调了细胞中Hsp70:JDP机制的多功能性 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1036746https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1036746组织来源细胞外囊泡的研究进展与挑战 2022 - 12 - 15 - t00:00:00z Zhengke智 Qiaochu太阳 Weibing唐

细胞外囊泡(EV)是存在于生物体液和细胞外微环境中的具有磷脂双分子层的囊泡。细胞外囊泡通过将脂质、蛋白质和rna传递到受体细胞,在细胞间通信中充当关键介质。不同于来源于生物液体的细胞外囊泡和来源于细胞培养的细胞外囊泡,组织源性细胞外囊泡(Ti-EVs)为我们提供了更丰富和准确的组织微环境信息。值得注意的是,组织来源的细胞外囊泡直接参与微环境中众多细胞类型之间的串扰。目前的研究主要集中在生物液和细胞培养上清中的细胞外囊泡,但组织源性细胞外囊泡的研究也在增加,因为组织源性细胞外囊泡是更准确地反映人类疾病发生发展的有前途的试剂。本文就组织源性细胞外囊泡的特点、分离方法及其在包括肿瘤在内的多种疾病中的作用进行综述。此外,我们还综述了组织源性细胞外囊泡的研究进展和面临的挑战 https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1045616https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1045616热休克蛋白在预防淀粉样蛋白中毒中的作用 2022 - 12 - 15 - t00:00:00z 为何撕裂 Tatsiana Kupreichyk 沃尔夫冈•霍耶 杰罗姆Boisbouvier

单体蛋白寡聚成大的、细长的、富含β-片的纤维结构(淀粉样蛋白),对受阻细胞产生毒性,与年龄的增加高度相关。由伴侣、泛素-蛋白酶体系统和自噬-溶酶体途径组成的质量控制系统在疾病发展中起着重要作用。近年来,越来越多的研究集中在伴侣蛋白、蛋白质构象态调节剂及其在预防淀粉样蛋白毒性方面的作用。在这里,我们全面概述了目前对伴侣蛋白和淀粉样蛋白的理解,并总结了在阐明这两类蛋白质相互影响方面所取得的进展,同时也强调了挑战和悬而未决的问题。这篇综述的重点是结构和机理研究,其目的是通过提供对所有相关过程的洞察和提出开创性的结构和功能研究,使这一领域的新手“跟上速度” https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1081166https://www.雷竞技rebatfrontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2022.1081166FAM111丝氨酸蛋白酶的功能和进化 2022 - 12 - 15 - t00:00:00z 艾利森·l·威尔特 町田雄一 蛋白水解在多种细胞过程中起着基础和调节作用。丝氨酸蛋白酶FAM111A (FAM111胰蛋白酶样肽酶A)最近作为一种蛋白酶出现,参与了两个看似不同的过程:DNA复制和抗病毒防御。FAM111A定位于新生DNA,并在DNA复制分叉中发挥作用。在分叉处,FAM111A被假设在DNA-蛋白质交联(DPCs)和蛋白质障碍处促进DNA复制。另一方面,FAM111A也被认为是SV40和正痘病毒突变体的宿主限制因子。FAM111A还有一个旁基,FAM111B,一种细胞功能未知的丝氨酸蛋白酶。此外,<斜体>FAM111A和<斜体>FAM111B中的杂合错义突变导致明显的遗传疾病。在这篇综述中,我们讨论了可能解释FAM111A如何在DNA复制和抗病毒防御中作为蛋白酶发挥作用的模型。我们还回顾了<斜体>FAM111A和<斜体>FAM111B突变的后果,并探讨了疾病的可能机制。此外,我们提出了一个可能的解释是什么驱动了FAM111蛋白的进化,并讨论了为什么一些物种有两个FAM111蛋白酶。 Altogether, studies of FAM111 proteases in DNA repair, antiviral defense, and genetic diseases will help us elucidate their functions and the regulatory mechanisms.