数据驱动的病毒发现在下一代测序时代:专注于植物和真菌病毒

在下一代测序时代(门店),植物和真菌基因组和转录组测序项目大幅增加,导致增加的沉积序列数据的数据存储库。门店数据到公共领域的原始提交者数据存储库通常感兴趣研究宿主(真菌和植物)基因组和基因表达模式,不序列,测序出具的主机序列基本上没有被发现。在采样的时候,如果采样植物和真菌组织怀有病毒,病毒序列也可以发现捷不部分的数据。随着病毒分类是见证一个转向基于分类,公共领域序列数据库已成为一个有价值的资源发现的假定的小说病毒序列。

考虑量子沉积的增加门店数据在公共领域数据存储库和生物信息学工具的进步,研究旨在全面表征植物和真菌viromes使用公开可用的门店数据仍然有限。另一方面,考虑到可能的错误在测序和生物信息学分析、标准尚未设置discovey数据驱动的病毒。在本研究课题收集,我们旨在报告植物和真菌virome描述使用公共领域门店数据,希望这将扩大植物和真菌virosphere并使更好地理解他们的基因组特性。此外,主题旨在集合框架拨款增加病毒的真实性确认完全基于序列数据。

我们欢迎所有类别的文章主题后,但不限于:

发现新奇的植物和/或真菌病毒使用公共领域门店数据

针对管道识别已知的和新颖的病毒

病毒基因组生物信息学工具装配和分析

准则增强鲁棒性的发现和基于数据驱动的病毒病毒分类

——属性从公共领域门店数据发现的病毒

关键字:公共领域数据库、病毒的发现,植物病毒、真菌病毒的转录组,基于序列的病毒分类,Virome特征,生物病毒识别管道

重要提示:所有贡献这个研究课题必须的范围内的部分和期刊提交,作为其使命声明中定义。雷竞技rebat前沿有权指导检查手稿更适合部分或同行评审的期刊在任何阶段。